Scénario

Layla Hassan (Elsa Davoine) retrouve la Lance de Léonidas et en extrait deux ADN, ceux d'Alexios (Adrien Antoine) et Kassandra (Audrey Sourdive). Après avoir extrait la mémoire d'un des deux, elle commence à l'explorer dans l'Animus pour retrouver le Bâton d'Hermès, un des Fragments d'Eden.

Kassandra constitue le choix « canon » du jeu^[3].

Version Kassandra

L'individu dont l'ADN est exploré est une Misthios née et élevée à Sparte par ses parents Nikolaos et Myrrine. La Misthios a hérité de la lance de Léonidas, dont elle est une des descendantes. Mais, un jour, une prophétie de l'Oracle de Sparte force Nikolaos à sacrifier son plus jeune enfant ; en voulant le sauver, Kassandra pousse accidentellement le soldat qui tenait son frère au bord du vide. Afin de racheter cet acte, le roi force Nikolaos à pousser également la jeune fille du haut de la montagne. Celle-ci s’en sortira et fuira Sparte pour trouver refuge à Kephallonia, où elle grandit, recueillie par Markos, un marchand et petit escroc qu'elle protège et dont l’éducation fera d'elle une mercenaire.

Alors que la guerre du Péloponnèse éclate, Kassandra est approchée par Elpenor, un homme intrigant qui l'engage pour tuer le Loup de Sparte, un général de l'armée spartiate qui n'est autre que Nikolaos. Kassandra parvient à l'approcher et Nikolaos lui révèle qu'il n'est pas son père biologique et que sa mère est en danger. Elpenor connaissait également la vérité, souhaitait la mort du Loup pour prolonger la guerre, et fuit quand Kassandra menace de le tuer pour lui avoir proposé de tuer Myrrine. En quête de réponses, Kassandra demande conseil à l'Oracle de Delphes, qui la chasse de son temple en reconnaissant la Lance et l'avertit de la menace du Culte de Kosmos qui veut sa mort. En apprenant qu'Elpenor est membre du Culte, Kassandra le tue et vole son masque pour s'introduire dans leur repaire afin d'assister à leur réunion. Réunis autour d'une stèle pyramidale de l'ancienne civilisation, les membres du Culte comptent profiter de la guerre pour prendre le pouvoir, menés par Alexios, qui a survécu à la chute et est devenu un combattant violent mais totalement soumis aux préceptes du Culte sous le nom de Deimos. Kassandra jure la fin du Culte et part à travers toute la Grèce traquer les membres et obtenir quelques indices pour retrouver Myrrine.

Kassandra rencontre à Athènes le couple à la tête de la cité, Périclès et sa compagne Aspasia. Après avoir tué plusieurs membres du Culte, la Misthios ne peut empêcher l'assassinat de Périclès par Deimos et voit Cléon lui succéder, alors qu'Athènes est ravagée par la peste. Kassandra retrouve également Myrrine, devenue pirate sur l'île de Naxos qui lui révèle que son véritable père est Pythagore, maintenu en vie par un artefact des Précurseurs, le Bâton d'Hermès. Myrrine et Pythagore expliquent qu'Alexios et Kassandra ont été conçus pour préserver la lignée de Léonidas, fortement liée aux Précurseurs et leurs artefacts, comme la Lance de Léonidas. Pythagore s'est terré dans un des sanctuaires des Précurseurs où il garde la porte vers l'Atlantide de ceux qui voudraient s'emparer du savoir contenu dans le lieu, comme le Culte, et charge la Misthios de récupérer des artefacts pour en fermer la porte. Kassandra traque les derniers membres du Culte, découvrant peu à peu comment Deimos a été sauvé, recueilli et endoctriné par le Culte, finit par démasquer Cléon comme l'un d'eux et finalement le tue dans la bataille d'Amphipolis. Les survivants de la famille de la Misthios se réunissent et retrouvent la maison familiale en Sparte.

La guerre terminée et le Culte détruit, la Misthios se rend dans le repaire du Culte sous le temple de Delphes pour y détruire la pyramide des Précurseurs qui donnait des visions de l'avenir à ceux qui la touchait. Aspasia la rejoint, révélant avoir été à la tête du Culte pendant un temps jusqu'à ce qu'elle voit les membres du Culte corrompus par leur soif de pouvoir. Le joueur a le choix de l'épargner ou non, mais elle disparaît après. En réunissant les artefacts pour fermer la porte de l'Atlantide – ayant dû pour cela vaincre les créatures mythologiques : le Sphinx, le Minotaure, le Cyclope et Médusa –, Kassandra active un enregistrement d'Aletheia, disant à Layla que la technologie des Précurseurs doit être détruite pour libérer les humains. Devant cette révélation, Pythagore lègue le Bâton au Misthios et meurt.

Sortant de l'Animus, Layla utilise toutes les informations de son exploration pour retrouver l'Atlantide et ouvrir la porte. Alors que les Assassins découvrent son contenu, Layla voit Kassandra la rejoindre, encore en vie grâce au Bâton. La Misthios lui donne sa dernière leçon : le monde doit trouver un équilibre entre ordre et chaos, entre les Templiers et les Assassins, et si la balance penche trop d'un côté, le monde court à sa perte. Kassandra donne alors à son tour le Bâton à Layla car elle la voit comme celle qui trouvera le point d'équilibre, mourant à son tour.

Version Alexios

Si le joueur choisit d'incarner Alexios, le rôle de celle-ci dans le scénario est échangé avec celui de Kassandra.

Musique

La bande originale a été composée par Mike Georgiades et The Flight (le duo Joe Henson et Alexis Smith). Pour ce jeu, ils ont été nommés aux Ivor Novello Awards dans la catégorie « meilleure musique de bande originale de jeu vidéo »^[11].

Polémique

Une minorité au sein de la communauté de joueurs a fait connaitre sa colère au sujet du final du deuxième épisode du DLC L'Héritage de la Première lame, dans lequel le personnage incarné par le joueur vit une romance hétérosexuelle et fonde une famille, allant à l'encontre du reste du jeu où l'orientation sexuelle du personnage était laissée libre^[22]. Certains joueurs ont même accusé Ubisoft de parti pris et d'homophobie. Ubisoft a réagi en présentant ses excuses auprès des joueurs et annonce un patch correctif pour le DLC inclus dans la mise à jour de février 2019^[23]. Cependant la mise à jour n'apporte quasiment aucun changement concret, si ce n'est un montage et un choix de dialogues légèrement modifié ainsi que l'arrivée du New-game+^[24] qui lui aussi suscite la polémique, car sorti trop tardivement selon les joueurs.