علامة تسلسل الببتيد هي جزء من المعلومات المتعلقة بالببتيد والتي يتم الحصول عليها بإستخدام مطياف الكتلة الترادفية والتي تستخدم لتحديد هذا الببتيد في قاعدة بيانات البروتين. [1][2][3]
قياس الطيف الكتلي
بشكل عام، يمكن تحديد الببتيدات عن طريق تجزئتها في مطياف الكتلة. على سبيل المثال، خلال تحفيز التصادم تتفكك الببتيدات المتصادمة مع الغاز داخل مطياف الكتلة و تنكسر إلى قطع في الروابط الببتيدية. و تحتوي أيونات القطع الناتجة على ما يسمى ( y-ions & b-ions ) و تمتلك كتل مختلفة اعتمادا على الكتلة المتبقية من الأحماض الأمينية ذات الصلة. وهكذا، يحتوي طيف الكتلة الترادفية على معلومات جزئية حول تسلسل الحمض الأميني للبتيد. يستخدم نهج علامة تسلسل الببتيد الذي طوره ماتياس ويليم و ماتياس مان في مختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي [4]، الذي يستخدم هذه المعلومات ( المعلومات المتعلقة بعلامة تسلسل الببتيد ) لتحديد الببتيد في قاعدة البيانات. باختصار، يتم استخلاص إثنين من الكتل من الطيف من أجل الحصول على علامة تسلسل الببتيد. و تعتبر علامة تسلسل الببتيد تعرفة فريدة و مميزة لكل ببتيد و يمكن إستخدامها للعثور عليه في قاعدة بيانات تحتوي على جميع الببتيدات الممكنة.
رموز قطع الببتيد
و قد تم تطوير الرموز التي تشير إلى قطع الببتيد الناشئة من طيف الكتلة الترادفية. يشار إلى أيونات الببتيد بواسطة (a,b,c) إذا بقيت الشحنة على N-terminus و بواسطة ( x,y,z ) عند الحفاظ على الشحنة على C-terminus. و يشير المخطط إلى عدد الأحماض الأمينية المتبقية في كل جزء. و تشير الرموز العلوية إلى عدد البروتونات أو الهيدروجينات المضافة إلى الجزء لشكيل الأيون الملاحظ. على سبيل المثال، يشير y'' إلى أيون مشحون بشحنة فردية مماثل للببتيد البروتوني، بينما 2+( y''') إلى أيون مشحون بشحنة مضاعفة مماثل للببتيد البوتوني المزدوج. [6]
مقالات ذات صلة
المراجع
- Hardouin J (2007). "Protein sequence information by matrix-assisted laser desorption/ionization in-source decay mass spectrometry". Mass spectrometry reviews. 26 (5): 672–82. Bibcode:2007MSRv...26..672H. doi:10.1002/mas.20142. PMID 17492750.
- "Protein and peptide identification algorithms using MS for use in high-throughput, automated pipelines". Proteomics. 5 (16): 4082–95. 2005. doi:10.1002/pmic.200402091. PMID 16196103.
- "Sequence tag identification of intact proteins by matching tanden mass spectral data against sequence data bases". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93 (16): 8264–7. 1996. Bibcode:1996PNAS...93.8264M. doi:10.1073/pnas.93.16.8264. PMID 8710858.
- "Error-tolerant identification of peptides in sequence databases by peptide sequence tags". Anal. Chem. 66 (24): 4390–9. 1994. doi:10.1021/ac00096a002. PMID 7847635.
- "Proposal for a common nomenclature for sequence ions in mass spectra of peptides". Biomed. Mass Spectrom. 11 (11): 601. 1984. doi:10.1002/bms.1200111109. PMID 6525415.
- "Fragmentation reactions of multiply protonated peptides and implications for sequencing by tandem mass spectrometry with low-energy collision-induced dissociation". Anal. Chem. 65 (20): 2824–34. October 1993. doi:10.1021/ac00068a020. PMID 7504416.