تتكون إندونيسيا من 34 إقليم (2 منها دوائر خاصة وواحدة لمنطقة العاصمة). تتألف كل منها من محافظات (أو «مراكز») تتألف من نقاط وبلديات. الأقاليم هي:
- غرب غينيا الجديدة
- جاوة
- كليمنتان:
- جزر الملوك:
- بالي ونوسا تنقارا (جزر سوندا الصغرى)
- سولاوسي (سلبيس)
- سومطرة
وتنقسم المقاطعة إلى مراكز (kabupaten) وعموديات مدن (kotamadya).
الدوائر الخاصة هي: آتشيه (أو نانجرو آتشيه دار السلام) ويوجياكرتا. الدوائر الخاصة تتمتع بمزيد من الاستقلال الذاتي مقارنة بالمقاطعات. وبالتالي فلهم مزايا تشريعية: فالحكومة الآتشيّة لها حق تشكيل نظام قضائي مستقل، كما شرّعت تلك الحكومة الآتشيّة عام 2003 الشريعة الإسلامية كالمصدر الأول للتشريع لديها. يوجياكارتا ما زالت سلطنة وسلطانها (حاليا سري سلطان هامنكوبوونو العاشر ذو الشعبية الجارفة) هو حاكم الدائرة الفعلي مدى الحياة.
منطقة العاصمة هي جاكرتا، والتي بالرغم من كونها مدينة إلا أنها تدار على أنها مقاطعة فيحكمها حاكم وليس عمدة وتنقسم إلى مراكز (كالقاهرة).
تيمور الشرقية كانت مقاطعة إندونيسية منذ جلاء البرتغاليين عنها عام 1976 وحتى تخلت إندونيسيا عن السيادة عليها عام 1999. وبعد مرحلة من الإدارة الانتقالية من قبل الأمم المتحدة، أصبحت دولة مستقلة عام 2002.
