يشير مصطلح بروتوكول الأمان الأحيائي للعديد من المحاولات السياسية المثيرة للجدل من أجل توحيد الإجراءات والاستجابات العالمية للأمان الأحيائي بطريقة تشبه بروتوكول السلامة الأحيائية. على الرغم من اقتراح البعض توسيع نطاق "بروتوكول الأمان الأحيائي" ليشمل بروتوكول السلامة الأحيائية للكائنات الحية التي تعد من الأسلحة (تتحكم بها بالفعل معاهدات منع انتشار الأسلحة الخاصة بالأمم المتحدة)، ويرى البعض أن هذه استجابة غير مناسبة للتهديدات العسكرية ونادوا بوجود دفاع بيولوجي بدلاً من ذلك.
وفي عام 2002، كانت الرؤية الأخيرة سائدة في الدوائر الحربية والعلمية أما الرؤية السابقة كانت سائدة في NGOs وفي بعض وكالات الأمم المتحدة والأحزاب الخضر. وكان بعض التعاون قاصرًا على تعريف "الأمان الأحيائي" ذاتها.
والقضية الأهم هي ما إذا كان سيتم قبول المبدأ الوقائي أو عن طريق توسيع النطاق، أية قيود على الأبحاث المفيدة عسكريًا التي تجريها القوى الكبرى. ويعارض غالبية العلماء الأمريكان الحلول الوسط، على سبيل المثال، طلب الحكومة الأمريكية في عام 2002 من العلماء حذف التفاصيل الإجرائية للكائنات الحية التي تمثل خطورة. اتخاذ مواقف متطرفة حتى بين الأحزاب الخضراء، على سبيل المثال، يعتبر رأي بيل جوى حول التخلي عن تكنولوجيا النانو والذكاء الصناعي جزءًا شرعيًا من المناقشة، لكن حتى الآن لم يحقق دعمًا سياسيًا جادًا.
وهناك شك حول ما إذا كانت هذه المفاوضات والحلول الوسط سوف تسفر عن بروتوكول أحيائي شامل. ويبدو أن الخلافات السياسية الأساسية هي التي تقود النقاش والتي لا يحتمل حلها بسهولة وأن التحالفات العسكرية سوف تؤثر على نظم الضرائب والتجارة والتعريفة وقيود الاستيراد/التصدير أكثر من أي بروتوكول دبلوماسي أو علمي.