يوثق مشروع بروتين فلوري أخضر- الحمض النووي لتوطين البروتينات إلى الأجزاء التحت خلوية للخلية حقيقية النواة التي تستخدم الفحص المجهري الفلوري. وتستكمل البيانات التجريبية بتحليلات المعلوماتية الحيوية وتنشر على الإنترنت في قاعدة بيانات. تتيح وظيفة البحث العثور على بروتينات تحتوي على عناصر أو عناصر ذات أهمية خاصة. المشروع عبارة عن تعاون بين المجموعات البحثية راينر بيبروك في المختبر الأوروبي للبيولوجيا الجزيئية (مابج) وستيفان ويمان في مركز أبحاث السرطان الألماني (ماسا).
ما أنواع التجارب التي يتم إجراؤها؟
تم تمييز علامات س الحمض النووي للرواية المفتوحة المحددة (ر م ف) بروتين الفلوري الأخضر (بفخ) وتم التعبير عنها في خلايا حقيقية النواة. في وقت لاحق، يتم تسجيل توطين التحت خلوية من البروتينات الانصهار من قبل المجهر مضان.
خطوات
1. الاستنساخ على نطاق واسع
أي التلاعب على نطاق واسع من و ر ف يتطلب تقنيات الاستنساخ التي تكون خالية من الانزيمات تقييد. في هذا الصدد، ثبت أن تلك التي تستخدم الاستنساخ الاستنساخ (بوابة من انفيتروجين أو خالق العلم الحيوي ع ح ) لتكون أنسب. تعتمد تقنية الاستنساخ هذه على آليات إعادة التركيب التي تستخدمها العاثيات لدمج الحمض النووي في جينوم المضيف. إنه يسمح بتنقل و ر ف بسرعة وبشكل مريح بين ناقلات مفيدة وظيفيا دون الحاجة إلى الاستنساخ التقليدي للقيد. في مشروع بروتين فلوري أخضر- الحمض النووي يتم نقل و ر ف إلى نواقل تعبير .بروتين نيون أصفر بالنسبة لتحليل الترجمة، يتم إنشاء كل من اندماج س و ن الطرفية . وهذا يزيد من إمكانية التحقق من التوطين بشكل صحيح، لأن وجود بروتين فلوري اخضر قد يخفي إشارات استهداف قد تكون موجودة في أحد طرفي البروتين الأصلي.
ن- الطرفية الفلورسنت الإنشطار
أدخل الجينات التي تهمك في م س ز لجين البروتين الفلوري، والتعبير عن الجين الخاص بك باعتباره انصهارًا إلى ن ال طرفية من الفلوري
س- الطرفية الفلورسنت الإنشطار
أدخل الجينات التي تهمك في م س ز في اتجاه الجين البروتيني الفلوري، وعبّر عن الجين الخاص بك على أنه انصهار إلى الطرف س من البروتين الفلوري
2. ترنسفكأيشن الخلايا حقيقية النواة، التعبير
يتم نقل متجهات الاندماج في خلايا فيرو (الأرومة الليفية للكلى القرد). يتم فحص (و ر ف) مثيرة للاهتمام بشكل خاص للتوطين في الخلايا العصبية قرن آمون.
3. توطين البروتين
في نقاط زمنية مختلفة، يتم تسجيل التوطين التحت خلوي للبروتينات الاندماجية عن طريق الفحص المجهري الفلوري. في نهاية التصوير الخلوي الحي، يمكن أن تظل الخلايا ثابتة وتم إجراء تجارب كولوكاسيشن.
4. التحليل المعلوماتي الحيوي
وكما هو معروف تسلسل الحمض النووي، يمكن للمعلوماتية الحيوية جعل التنبؤات بشأن توطين وظيفة البروتين المشفرة. يتم تسهيل تحليل المعلوماتية الحيوية من قبل محرك البحث الحيوي المعلوماتي الحصادي
5. تعيين فئة التعريب التحت خلوية
يتم تقييم النتائج من الانصهار ن- وس- محطة، ويتم مقارنة هذه البيانات بدورها إلى التنبؤات تطبيقات حيوية التعريب التحت خلوي النهائي (من حوالي 20 فئة) لكل و ر ف المواقع المشابهة لكل من التركيبات الطرفية درجة أعلى من الموثوقية للنتيجة. بالنسبة إلى و ر ف لا تعطي فيها عمليتي الازدواج نمطا مماثلا مماثلا، يتم النظر في سلسلة من المعايير الأخرى، بما في ذلك التنبؤات المعلوماتية الحيوية. من حين لآخر، لا يمكن تخصيص توطين قطع واضح.
ما البيانات التي يتم نشرها؟
تحتوي كل ورقة بيانات على صور مضان لكل من دمج س و ن الطرفية عين، والتعميمات الأخرى، والتعليقات ومعرف لكل إدخال بروتين، يتم توفير ارتباط إلى صفحة المعلوماتية الحيوية الحاصدة المناظرة.
كيف أستخدم قاعدة بيانات بروتين الفلوري الاخضر؟
يمكن الاطلاع على صور جميع البروتينات الموضعية وتحليلها المعلوماتي الحيوي من خلال أزرار "جدول النتائج" أو "نتائج الصور". بالإضافة إلى ذلك، استخدم نافذة البحث في موقع الدخول للعثور على البروتينات التي تحتوي على ميزات أو عناصر ذات أهمية خاصة بالنسبة لك والتي تم توطينها في هذا المشروع.
روابط خارجية
قاعدة بيانات بروتين فلوري أخضر- الحمض النووي
مصادر
- الصفحة الرئيسية لمشروع بروتين فلوري أخضر- الحمض النووي