الجرثومة في اللغة: الأصل، وتستخدم كلمة الجراثيم في الاصطلاح العلمي العربي ضمن ثلاثة مفاهيم:
- جراثيم بمعنى أبواغ (Spores): وهي خلايا ناتجة من تحول الظروف الملائمة للكائن الحي الدقيق إلى ظروف غير ملائمة. وتوجد في البكتيريا والفطريات، وبعض الكائنات الدقيقة الأخرى.
- أو بشكل عام يقال: جراثيم بشكل مكافيء للكائنات الدقيقة (Microorganism) أو (Germs) أو ميكروب فهي بهذا تشمل جميع الأحياء الدقيقة وحيدة الخلية بما فيها البكتريا والفطريات. وهي مجموعة لا تتشارك لا بالصفات ولا بالخصائص الحيوية لذا لا يمكن اعتبارها مجموعة متجانسة بأي حال واستخدام كلمة جراثيم للتعبير عنها يتم مجازاً، وفي الكثير من الأحيان يفضل استخدام مصطلح أحياء دقيقة أو ميكروب.
يتعلق مصطلح (Germ) أيضا بعملية الإنبات والخلايا الجنسية (Germ cell). وتكون (Germinal) إنتاشي أو متعلق بالخلايا الجنسية.
- خلية جنسية (Germ cell)، خلية لديها إمكانية لتنمو إلى خلية بالغة.
- جيرم (Germ).