الرئيسيةعريقبحث

جينبنك

قاعدة بيانات تسلسل ذات وصول مفتوح

جينبنك أو بنك الجينات (GenBank)‏هي قاعدة بيانات تسلسل ذات وصول مفتوح، ومجموعة مشروحة من جميع تسلسلات النيوكليوتيد المتاحة للعامة وترجمات البروتين الخاصة بها. يُنتج ويصون المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI ؛ جزء من المعاهد الصحة الوطنية في الولايات المتحدة ) قاعدة البيانات كجزء من التعاون الدولي لقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيد (INSDC).

GenBank
المحتويات
الوصف تسلسل النوكليوتيدات لأكثر من 300000 كائن حي مع دعم ببليوغرافي وشروح بيولوجية.
نوع البيانات
  • Nucleotide sequence
  • Protein sequence
الكائنات All
العناوين
مركز الأبحاث NCBI
الاستشهاد الأولى 21071399
تاريخ الإطلاق 1982

يمكن إرسال التسلسلات الأصلية فقط إلى جينبنك. يتم تقديم الطلبات المباشرة إلى جينبنك باستخدام BankIt، وهو نموذج مستند إلى الويب، أو برنامج التقديم المستقل، Sequin . عند استلام تقديم التسلسل، يقوم موظفو جينبنك بفحص أصالة البيانات وتعيين رقم انضمام للتسلسل وإجراء فحوصات ضمان الجودة. تصدر بعد ذلك التقديمات إلى قاعدة البيانات العامة، حيث يمكن استردادها عن طريق أنتريه أو تنزيلها بواسطة بروتوكول نقل الملفات . المقدمة الأكبر من تسلسل وسم معبر عنه (EST)، موقع-التسلسل الموسوم (STS)، الجينوم المسح تسلسل (الشاباك)، و عالية الإنتاجية الجينوم تسلسل وغالبا ما قدمت بيانات (HTGS) من خلال مراكز التسلسل على نطاق واسع. تقوم مجموعة عمليات الإرسال المباشر لـ جينبنك أيضًا بمعالجة تسلسل الجينوم الميكروبي الكامل.

التاريخ

قام والتر غواد من مجموعة البيولوجيا النظرية والفيزياء الحيوية في مختبر لوس ألاموس الوطني وآخرون بإنشاء قاعدة بيانات تسلسل لوس ألاموس في عام 1979، والتي بلغت ذروتها في عام 1982 بإنشاء جينبنك العام. [5] تم توفير التمويل من قبل معاهد الصحة الوطنية، ومؤسسة العلوم الوطنية، ووزارة الطاقة، ووزارة الدفاع. تعاون LANL في جينبنك مع شركة بولت وبرانيك ونيومان، وبحلول نهاية عام 1983 تم تخزين أكثر من 2000 تسلسل فيه.

في منتصف الثمانينيات، أدارت شركة المعلوماتية الحيوية الاستعلامية في جامعة ستانفورد مشروع جينبنك بالتعاون مع LANL. [6] كواحد من أقدم مشاريع مجتمع المعلوماتية الحيوية على الإنترنت، بدأ مشروع جينبنك مجموعات أخبار BIOSCI / Bionet لتعزيز اتصالات الوصول المفتوح بين علماء الأحياء الحيوية. خلال عام 1989 إلى عام 1992، انتقل مشروع جينبنك إلى المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية المنشأ حديثًا. [7]

جينبنك و EMBL: تسلسل النوكليوتيدات1986/1987 المجلدات من الأول إلى السابع.
قرص مدمج من جينبنك v100

نمو

النمو في أزواج قاعدة جينبنك، من 1982 إلى 2018، على نطاق شبه لوغاريمي

تشير ملاحظات إصدار جينبنك للإصدار 162.0 (أكتوبر 2007) إلى أنه "من عام 1982 حتى الوقت الحاضر، تضاعف عدد القواعد في جينبنك تقريبًا كل 18 شهرًا". [4] [8] اعتبارا من 15 يونيو 2019، إصدار جينبنك 232.0 يحتوي على 213,383,758 موقعًا، 329,835,282,370 قاعدة، من 213,383,758 تسلسلًا تم الإبلاغ عنه.

تتضمن قاعدة بيانات جينبنك مجموعات بيانات إضافية يتم إنشاؤها ميكانيكيًا من جمع بيانات التسلسل الرئيسي، وبالتالي يتم استبعادها من هذا العدد.

أعلى الكائنات الحية في جينبنك (الإصدار 191) [9]
كائن حي قاعده ازواج
الانسان العاقل 16٬310٬774٬187
فأر المنازل 9٬974٬977٬889
الجرذ النرويجي 6٬521٬253٬272
البقر 5٬386٬258٬455
نبات الذرة 5٬062٬731٬057
خنزير بري 4٬887٬861٬860
دانيو مخطط 3٬120٬857٬462
Strongylocentrotus purpuratus 1٬435٬236٬534
مكاك ريسوسي 1٬256٬203٬101
أرز أسيوي 1٬255٬686٬573
Nicotiana tabacum 1٬197٬357٬811
قيطم مداري 1٬249٬938٬611
ذبابة فاكهة شائعة 1٬119٬965٬220
شيمبانزي شائع 1٬008٬323٬292
رشاد أذن الفأر 1٬144٬226٬616
كلب 951٬238٬343
كرمة نبيذية 999٬010٬073
دجاج الأدغال الأحمر 899٬631٬338
فول الصويا 906٬638٬854
قمح طري 898٬689٬329

تعريفات غير مكتملة

قواعد البيانات العامة التي يمكن البحث فيها باستخدام أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية (NCBI BLAST) التي يستخدمها المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، تفتقر إلى تسلسل مراجعة النظراء لسلالات النوع وتسلسل السلالات غير النوعية. من ناحية أخرى، في حين يحتمل أن تحتوي قواعد البيانات التجارية على بيانات تسلسل مفلترة عالية الجودة، هناك عدد محدود من التسلسلات المرجعية.

قيمت ورقة نشرت في مجلة علم الأحياء الدقيقة السريرية [10] نتائج تسلسل الجينات 16S rRNA التي تم تحليلها مع جينبنك بالاقتران مع قواعد البيانات العامة الأخرى المتاحة مجانًا والتي يتم التحكم فيها بالجودة على الويب، مثل EzTaxon -e (و BIBI (قواعد بيانات .fr / bibi / ). أظهرت النتائج أن التحليلات التي أجريت باستخدام جينبنك مع EzTaxon -e (kappa = 0.79) كانت أكثر تمييزية من استخدام جينبنك (kappa = 0.66) أو قواعد البيانات الأخرى وحدها.

مقالات ذات صلة

المراجع

  1. The download page at UCSC says "NCBI places no restrictions on the use or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution of the information contained in GenBank." نسخة محفوظة 27 يناير 2020 على موقع واي باك مشين.
  2. Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. (2008). "GenBank". Nucleic Acids Research. 36 (Database): D25–D30. doi:10.1093/nar/gkm929. PMID 18073190.
  3. Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. (2009). "GenBank". Nucleic Acids Research. 37 (Database): D26–D31. doi:10.1093/nar/gkn723. PMID 18940867.
  4. "GenBank release notes". NCBI. مؤرشف من الأصل في 1 أبريل 2018.
  5. Hanson, Todd (2000-11-21). "Walter Goad, GenBank founder, dies". Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. مؤرشف من الأصل في 7 نوفمبر 2008.
  6. LANL GenBank History - تصفح: نسخة محفوظة 3 مارس 2016 على موقع واي باك مشين.
  7. Benton D (1990). "Recent changes in the GenBank On-line Service". Nucleic Acids Research. 18 (6): 1517–1520. doi:10.1093/nar/18.6.1517. PMID 2326192.
  8. Benson, D. A.; Cavanaugh, M.; Clark, K.; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W. (2012). "GenBank". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D36–D42. doi:10.1093/nar/gks1195. PMID 23193287.
  9. "GenBank". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D32–37. January 2011. doi:10.1093/nar/gkq1079. PMID 21071399.
  10. Kyung Sun Parka, Chang-Seok Kia, Cheol-In Kangb, Yae-Jean Kimc, Doo Ryeon Chungb, Kyong Ran Peckb, Jae-Hoon Songb and Nam Yong Lee (May 2012). "Evaluation of the GenBank, EzTaxon, and BIBI Services for Molecular Identification of Clinical Blood Culture Isolates That Were Unidentifiable or Misidentified by Conventional Methods". J. Clin. Microbiol. 50 (5): 1792–1795. doi:10.1128/JCM.00081-12. PMID 22403421.

*

روابط خارجية

موسوعات ذات صلة :