الديناميكا الجزيئية أو Molecular dynamics هي علم قائم على محاكاة حاسوبية للجزيئات والمركبات معتمدة على قوانين نيوتن للحركة في توقع حركة الجزيئات و سرعة تحركها و اماكن وجودها بعد فترات زمنية قصيره جدا وهو عمل يتطلب حلول لمعادلات نيوتن لاعداد هائلة من الجزيئات و لفترات زمنية قصيره جدا ولضمان حساب هذه التوقعات بشكل صحيح أو اقرب للصحة يجب اخذ عدة امور عند حساب قوانين نيوتن مثل قوى التجاذب بين الجزيئات و اهتزاز روابط الجزي و انثناء الرووابط حول محورها و تذبذب الزاوية بين ذرات الجزي و ايضا تذبذب الزوايا بين مستويات الجزئ أو ما يعرف بالزاوية الزوجية و امور اخرى كثيرة
ولاننا في هذه العملية نقوب بحساب قوانين نيوتن و قوانين اخرى تتعلق بالمحاكاة لاعداد كبيرة جده من الجزيئات هذا يجعل العملية معقدة جدا و شبه مستحيلة لذلك يتم الاستعانة ببعض الفرضيات و طرق احصائية لتساعدنا في جعل هذه الحسابات ممكنة من الناحية العملية.
نظرة تاريخية
في العام 1957 قام العالم الدر alder باستخدام جهاز حاسوب من نوع IBM 704 لعمل محاكاة لتصادم مرن بين مجموعة من الكرات. و في العام 1964 قام العالم رحمن rahman بعمل محاكاة حاسوبية لذرات الارغون المسال مستخدما معادلة لينارد جونس لحساب الطاقة lennard-jones potential