سَلسَلة الرنا (بفتح السين) (RNA-Seq) وتسمى كذلك السَلسَلة العشوائية لكامل النسخوم (whole transcriptome shotgun sequencing)[2] هي تقنية تستخدم سَلسَلة عالية الإنتاج (سَلسَلة الجيل التالي) للكشف عن تواجد وكمية الرنا في عينة بيولوجية في لحظة معينة.[3][4][5]
تُستخدم سَلسَلة الرنا في دراسة التغير المستمر للنسخوم الخلوي. وبشكل خاص، تسهِّل سَلسَلة الرنا القدرة على تحديد نُسَخِ الجين المضفرة بالتضفير البديل، تعديلات ما بعد النسخ، اندماج الجين، الطفرات/ تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة والتغيرات في التعبير الجيني مع مرور الوقت، أو الاختلافات في التعبير الجيني في مجموعات أو علاجات مختلفة.[6] فضلا عن نسخ الرنا الرسول، يمكن لسَلسَلة الرنا البحث في مختلف أنواع الرنا بما في ذلك الرنا الصغير مثل الرنا الميكروي والرنا الناقل والرنا الريبوسومي.[7] يمكن كذلك استخدام سَلسَلة الرنا لتحديد الحدود بين الإكسونات والإنترونات والتأكد من وتعديل حدود النهاية 5' والنهاية 3' الموضوعة سابقا للجينات. التقدمات الحديثة في سَلسَلة الرنا تشمل سَلسَلة خلية مفردة
- Griffith M, Walker JR, Spies NC, Ainscough BJ, Griffith OL (August 2015). "Informatics for RNA Sequencing: A Web Resource for Analysis on the Cloud". PLoS Computational Biology. 11 (8): e1004393. Bibcode:2015PLSCB..11E4393G. doi:10.1371/journal.pcbi.1004393. PMC . PMID 26248053.
- Morin R, Bainbridge M, Fejes A, Hirst M, Krzywinski M, Pugh T, et al. (July 2008). "Profiling the HeLa S3 transcriptome using randomly primed cDNA and massively parallel short-read sequencing". BioTechniques. 45 (1): 81–94. doi:10.2144/000112900. PMID 18611170. مؤرشف من الأصل في 31 مارس 2019.
- Chu Y, Corey DR (August 2012). "RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation". Nucleic Acid Therapeutics. 22 (4): 271–4. doi:10.1089/nat.2012.0367. PMC . PMID 22830413.
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M (January 2009). "RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics". Nature Reviews Genetics. 10 (1): 57–63. doi:10.1038/nrg2484. PMC . PMID 19015660.
- "RNA-seqlopedia". rnaseq.uoregon.edu. مؤرشف من الأصل في 12 يونيو 201908 فبراير 2017.
- Maher CA, Kumar-Sinha C, Cao X, Kalyana-Sundaram S, Han B, Jing X, Sam L, Barrette T, Palanisamy N, Chinnaiyan AM (March 2009). "Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer". Nature. 458 (7234): 97–101. Bibcode:2009Natur.458...97M. doi:10.1038/nature07638. PMC . PMID 19136943.
- Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS (July 2012). "The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments". Nature Protocols. 7 (8): 1534–50. doi:10.1038/nprot.2012.086. PMC . PMID 22836135.
- Lee JH, Daugharthy ER, Scheiman J, Kalhor R, Yang JL, Ferrante TC, et al. (March 2014). "Highly multiplexed subcellular RNA sequencing in situ". Science. 343 (6177): 1360–3. Bibcode:2014Sci...343.1360L. doi:10.1126/science.1250212. PMC . PMID 24578530.
- Kukurba KR, Montgomery SB (April 2015). "RNA Sequencing and Analysis". Cold Spring Harbor Protocols. 2015 (11): 951–69. doi:10.1101/pdb.top084970. PMC . PMID 25870306.