يُشير فحص التفاعلات بين البروتينات إلى تحديد تفاعلات البروتينات من خلال طرق الفحص عالي الإنتاجية مثل الاستعانة بالكمبيوتر - و/أو الإنسان الآلي في قراءة اللوحات وتحليل التدفق الخلوي.
فتلعب التفاعلات التي تحدث بين البروتينات دورًا رئيسيًا تقريبًا في كل عملية في الخلايا الحية. وتساعد المعلومات المتعلقة بهذه التفاعلات في تحسين فهم الأمراض ووضع أساس لطرق العلاج الجديدة.
طرق فحص التفاعلات بين البروتينات
بالرغم من وجود طرق عديدة لاكتشاف التفاعلات بين البروتينات، إلا أن غالبية تلك الطرق— مثل الترسيب المناعي التزامني ونقل طاقة الرنين الفلورية (FRET) وقياس تداخل الاستقطاب المزدوج— لا تعتبر طرقًا للفحص.
طرق الفحص ==خارج الجسم أو داخل الجسم الحي== هي طرق فحص التفاعلات بين البروتينات في الخلايا الحية.
- التتام الفلوري ثنائي الجزيء (BiFC) هي تقنية جديدة لرصد تفاعلات البروتينات. ويمكن أن يتيح الجمع بينها وبين تقنيات أخرى جديدة مثل DERB إمكانية فحص التفاعلات بين البروتينات ومضمناتها.
- إن الفحص ثنائي التهجين للخميرة يدرس التفاعل بين بروتينات الاندماج الاصطناعي داخل نواة الخميرة. ويمكن لهذه الطريقة تحديد الشركاء المرتبطين في البروتين من دون انحياز. ومع ذلك، فإن هذه الطريقة معروفة بنسبة عالية من النتائج الإيجابية الكاذبة، الأمر الذي يجعل من الضروري التحقق من التفاعلات المحددة عن طريق الترسيب المناعي التزامني.[1]
طرق الفحص ==داخل الجسم==
- تسمح طريقة تنقية التقارب الترادفي (TAP) بتحديد تفاعلات البروتينات بصورة عالية الإنتاجية. وعلى عكس طريقة الفحص ثنائي التهجين (Y2H)، يمكن مقارنة دقة هذه الطريقة بدقة التجارب محدودة النطاق (كولينز وآخرون 2007) ويتم اكتشاف التفاعلات داخل البيئة الخلوية الصحيحة كما هو الحال في الترسيب المناعي التزامني. ومع ذلك، فإن طريقة تنقية التقارب الترادفي (TAP) تتطلب خطوتين متعاقبتين لتنقية البروتين وبالتالي لا يمكن اكتشاف التفاعلات العابرة بين البروتينات بسهولة. وقد أجرى كروغان وآخرون، 2006،[2] وجافين وآخرون، 2006،[3] تجارب حديثة لطريقة تنقية التقارب الترادفي (TAP) على مستوى الجينوم، مما أتاح توفير بيانات محدثة حول تفاعل البروتينات للكائنات الخمرية.
- وغالبًا ما يستخدم التشابك الكيميائي "لإصلاح" تفاعلات البروتينات الجارية قبل محاولة عزل/تحديد البروتينات المتفاعلة. وتشمل المتشابكات الشائعة لهذا التطبيق المتشابكة غير الشطورية [إن إتش إس-استر] (NHS-ester)، و[مكرر-بروبيونات سلفوسينيميديال] (-bis-sulfosuccinimidyl suberate) (BS3)؛ وهي نسخة شطورية من متشابكة بي إس 3 (BS3) و[ديثيوبيس (بروبيونات سلفوسينيميديال)] (dithiobis(sulfosuccinimidyl propionate)) (DTSSP)؛ ومتشابكة [إيمدويستر] (imidoester) [ديثيوبيسبروبيونيميديت ثنائي الميثيل] (dimethyl dithiobispropionimidate) (DTBP) التي تشتهر بإصلاح التفاعلات التي تحدث في اختبارات الترسيب المناعي الكروماتيني (ChIP).[4]
مقالات ذات صلة
المراجع
- Fields S (2005). "High-throughput two-hybrid analysis: The promise and the peril". FEBS Journal. 272 (21): 5391–5399. doi:10.1111/j.1742-4658.2005.04973.x. PMID 16262681.
- Krogan, Nevan J. (21 March 2006). "Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae". Nature. 440 (7084): 637–643. doi:10.1038/nature04670.
- Gavin, Anne-Claude (21 January 2006). "Proteome survey reveals modularity of the yeast cell machinery". Nature. 440 (7084): 631–636. doi:10.1038/nature04532.
- Chen CS, Zhu H (2006). "Protein microarrays". Biotechniques. 40 (4): 423, 425, 427. doi:10.2144/06404TE01. PMID 16629388.
وصلات خارجية
Protein–protein interaction databases
- HPRD Human Protein Reference Database, a (manually) curated database of human protein information with visualization tools
- IntAct Interaction Database, a public repository for manually curated molecular interaction data from the literature
- DIP Database of Interacting Proteins, a manual and automatic catalog of experimentally determined interactions between proteins
- MINT Molecular INTeraction Database, a tool that focuses on experimentally verified protein interactions mined from the literature by curators
- MIPS Mammalian Protein–Protein Interaction Database, the MIPS mammalian protein–protein interaction database
- BioGRID