المقاعد التالية المخصصة لكأس الاتحاد الآسيوي 2012 اعتمدت من قبل الاتحاد الآسيوي لكرة القدم في نوفمبر 2011:[3][4] الاتحادات الأربعة التالية (اليمن، ماليزيا، مالديف، مينمار) الذين لديهم النقاط الأدنى وفقاً لنظام تقييم الاتحاد الآسيوي لديهم فريق واحد يشارك في دور المجموعات وواحد في الملحق.[3]
ينضم الخاسرون في الدور التمهيدي الثاني لدوري أبطال آسيا وذالك بعكس النسخة الماضية.
*الكويت لديها ثلاثة فرق مشارك من بينهم الكويت وصيف كأس الاتحاد الآسيوي 2011 الذي فشل بالوفاء بمعايير التي حددها الاتحاد الآسيوي للمنافسة في دوري أبطال آسيا 2012، وبالتالي سيدخل مباشرة إلى كأس الاتحاد الآسيوي 2012.
**البحرين كانت قادرة على المشاركة في كأس الاتحاد الآسيوي، لكن اختارت عدم المشاركة في عام 2012.
****ماليزيا ستعود للمشاركة بالبطولة بعد أن غابت عنها في 2011.
*****ميانمار طلبت أن يتم تصعيدها مشاركاتها القارية من كأس رئيس الاتحاد الآسيوي إلى كأس الاتحاد الآسيوي، وقد تم اعتماد هذا الطلب من قبل الاتحاد الآسيوي لكرة القدم في نوفمبر 2011، وبذالك ستشارك ميانمار لأول مرة في المسابقة.
****** بسبب انسحاب لياونينغ هووين (الصين) واستبعاد بيرسيبورا جايابورا (إندونيسيا) من الملحق التأهيلي من دوري أبطال آسيا 2012 سيدخل ناديي ترغكانو (ماليزيا) وأياياوادي يونايتد (ميانمار) مباشرة لدور المجموعات بعد أن كانوا بالأصل سيلعبوا في الملحق التأهيلي ولذلك لم يتبقَ إلا 3 فرق، ما يعني لن يكون سوى خاسر واحد في الدور النهائي لمنطقة الشرق بدلاً من اثنين. لذلك، تأهل كلا الفريقين تلقائياً إلى دور المجموعات.
الفرق المتأهلة
سوف يشارك مجموع 34 فريق في دوري أبطال آسيا 2012.[3]
30 فريق (19 في غرب آسيا و11 في شرق آسيا) سوف يشاركون مباشرة في دور المجموعات.
4 فرق (2 في غرب آسيا و2 في شرق آسيا) سوف يشاركون في الملحق التأهيلي، وسوف يتسم توزيعهم على جولتين. الفائزون الأثنين (1 في غرب آسيا و1 في شرق آسيا) سيتأهلون مباشرة إلى دور المجموعات.
مشاركون في دور المجموعات تلقائياً: غرب آسيا (المجموعات 1–5)
أقيمت قرعة الملحق التأهيلي في كوالا لمبور، ماليزيا يوم 6 ديسمبر 2011.[10] أندية من نفس البلد لم يتم وضعهم في نفس المجموعة. سيتأهل أبطال وثواني كل مجموعة إلى دور خروج المغلوب.[8]
استناداً لنتائج القرعة لدور المجموعات، سيحدد جدول المباريات لدور الستة عشر كالتالي.[11] تلعب كل مواجهة بمباراة واحدة، يستضيفها الفائز من كل مجموعة (الفريق 1) ضد الوصيف من المجموعة الأخرى (الفريق 2).[8]
أقيمت قرعة ربع النهائي، نصف النهائي والنهائي في كوالا لمبور، ماليزيا يوم 14 يونيو 2012. وقد تم تحديد مواجهات ربع النهائي ونصف النهائي فضلاً عن المضيف المحتمل للنهائي.[12]