الكنائس اللاخلقدونية هي الكنائس التي رفضت مجمع خلقدونية، وتسمى أيضًا الكنائس الأرثوذكسية الشرقية وهي:
- الكنيسة القبطية الأرثوذكسية: مقر الكنيسة القبطية القاهرة، ويقدر عدد الرعية بنحو 16 مليون في مصر وحول العالم.
- الكنيسة السريانية: مقر الكنيسة السريانية دمشق، ويقدر رعيتها بنحو مليون في سورية ولبنان وفنلندا والسويد والنرويج والدانمارك وأيسلندا. ونحو مليون سرياني في الهند يتبعون الكنيسة الهندية.
- الكنيسة الأرمنية: لها بطريركيتان، الأولى في يريفان عاصمة أرمينية، والثانية في أنطلياس في لبنان ويقدر عدد الرعايا في البطريركيتان نحو 5 مليون.
- الكنيسة الاثيوبية: كانت تابعة للكنيسة القبطية ثم استقلت، ويقدر رعيتها بنحو ثلاثين مليون.
- الكنيسة الاريترية