مؤتمر جوبا عام 1947 كان اجتماعًا عقد في يونيو من العام 1947 حضره مندوبون بريطانيون وسودانيون في مدينة جوبا، العاصمة الإقليمية حينها ل الإقليم الاستوائي في جنوب السودان (واليوم العاصمة الوطنية لجنوب السودان).
نظمت بريطانيا المؤتمر لضم شمال وجنوب السودان إلى كيان سياسي واحد. حتى ذلك الحين، كان البريطانيون يعاملون القاطعين بشكل أساسي باعتبارهما مستعمرتين منفصلتين بسبب الاختلافات العرقية والدينية والثقافية. كان شمال السودان شديد التعريب ولديه بنية تحتية سياسية واقتصادية جيدة التنظيم. دان الشماليون بالإسلام وكانوا متعلمين نسبيًا بينما كان جنوب السودان يتكون أساسًا من العديد من القبائل النيلية التي مارست مزيجًا من المعتقدات المسيحية والتقليدية. من الناحية الاقتصادية، لم يكن للجنوب نفس تنظيم شمال السودان.
وافق مؤتمر جوبا على أن شمال وجنوب السودان سيشكلان دولة واحدة وأن الجمعية التشريعية ستمثل المستعمرة بأكملها. ومع ذلك، كان لممثلي جنوب السودان عدة تحفظات على القرارات، ويعزى ذلك إلى حد كبير إلى أنهم كانوا في وضع أدنى فيما يتعلق بنقص التجربة التعليمية والسياسية في منطقتهم.
لقد تحقق تخوفهم من قيام البريطانيين بإخلاء 800 وظيفة إدارية استعدادًا "للحكم الذاتي" السوداني؛ أربعة فقط من المناصب الحكومية ذهبت إلى الجنوبيين. وفي المناقشات التي دارت لتحديد مستقبل دولة السودان الحديثة، استُبعدت المحافظات الجنوبية إلى حد كبير من العملية السياسية.
أدى هذا التباين إلى الحرب الأهلية السودانية الأولى والثانية، مما أدى في النهاية، في العام 2011، إلى أن تصبح المقاطعات الجنوبية جمهورية مستقلة، هي جنوب السودان.