أسسها بابكر بدري كمدرسة وطنية التعليم في السودان بروفيسور محمد عمر بشير في مقابل المدارس التبشيرية المنتشرة في السودان ؛ فتح بابكر بدري مدرسة للبنين سماها مدرسة الأحفاد لأنه بعد أن عمل لمدة (25) سنة يعلم جيل أبنائه أصبح الآن يعلِّم جيل أحفاده. ثم انتقل بالمدرسة من رفاعة إلى أم درمان عام 1932 في بيوت شيخ عبيد عبد النور ثم إلى منزل جوار المدرسة الأميرية ثم إلى المباني الحالية الموجودة بشارع الموردة جوار دار حزب الأمة. أسّس بابكر البدري أول مدرسة للمرحلة المتوسطة سنة 1943 وأول مدرسة ثانوية أهلية بعد غردون ثم جاءت بعدها مدارس حنتوب و خور طقت و وادي سيدنا النموذجية. في الأربعينيات كانت مدارس الكُتّاب مختلطة بنين وبنات وأسس البدري مدرسة بنات وسطى عام 1950 ومدرسة ثانوية للبنات عام 1955.