تحتل ميونخ الريادة في مجال التعليم والبحث بقائمة طويلة من الحائزي على جائزة نوبل، بدءاً من فيلهيلم كونراد رونتغين (بالألمانية: Wilhelm Conrad Röntgen) في العام 1901م وصولاً إلى تيودور هانش (بالألمانية: Theodor Hänsch) في العام 2005م. وقد كانت جامعتي لودفيغ ماكسيميليان وجامعة ميونخ التقنية اثنتين من الجامعات الثلاثة الأولى في ألمانيا التي تنال لقب جامعة النخبة من قبل لجنة مختصة من وزارات التعليم والبحوث في الولايات الفدرالية والألمانية.
ومن بعض الجامعات في ميونخ نذكر: جامعة ميونخ التقنية (TUM) وجامعة ميونخ للعلوم التطبيقية (HM) و جامعة ميونخ للقوات الفدرالية المسلحة وجامعة ميونخ للموسيقى والمسرح و مدرسة الصحافة الألمانية وغيرها الكثير. وهناك أيضاُ مجموعة ماكس بلانك، وهي منظمة غير ربحية للبحوث والتي يقع مقرها الرئيسي الإداري في ميونخ. ومن مراكز البحوث الأخرى مؤسسة الفرانهوفر (بالألمانية: Fraunhofer Institute).
- جامعة لودفيغ-ماكسميليان ميونخ (Ludwig-Maximilians-Universität München): تأسست عام 1472.
- جامعة ميونخ التقنية (Technische Universität München): تأسست عام 1868.
- المعهد العالي للسياسة ميونخ (Hochschule für Politik München): تأسس عام 1950.
- جامعة القوات المسلحة ميونخ (Universität der Bundeswehr München): تأسست عام 1973.
- المعهد العالي للموسيقى والمسرح ميونخ (Hochschule für Musik und Theater München) : تأسس عام 1830.
- المعهد العالي للتلفزيون والفيلم ميونخ(Hochschule für Fernsehen und Film München): تأسس عام 1966.
- أكاديمية الفنون الجميلة ميونخ (Akademie der Bildenden Künste München): تأسست عام 1808.
- المعهد العالي للفلسفة ميونخ (Hochschule für Philosophie München): تأسس عام 1925.
- كلية ميونخ التقنية (Fachhochschule München): تأسست عام 1971.
- كلية الاقتصاد والإدارة (Fachhochschule für Oekonomie & Management)