Les débuts

C'est en 1974, à l'âge de 14 ans, qu'il arrive au club milanais, ayant été refusé par l'Atalanta puis l'Inter (qui lui a préféré son frère aîné, Giuseppe), considéré comme inadéquat au haut niveau, inadapté physiquement. Il est cependant accepté au Milan donc, lors de son troisième bout d'essai. Le 23 avril 1978, Liedholm, alors entraîneur, décide de le lancer contre le Hellas Vérone. Franco Baresi fait des débuts remarqués puisqu'il obtient un 7 de la part de La Gazzetta dello Sport. L'année suivante, lors du championnat 1978-1979, il est installé comme titulaire, à seulement 18 ans, dans un club aussi prestigieux que le Milan et à un poste aussi délicat qu'important, celui de libéro. Liedholm, son mentor, lui enseigne toutes les subtilités de la défense de zone et n'hésite pas à sacrifier un joueur tel que Ramon Turone pour faire entrer son protégé dans l'équipe type.

Les années noires

Pour sa première année en tant que titulaire, Baresi remporte le scudetto. Il comble les lacunes physiques qu'on lui reprochait plus jeune par une vision du jeu impeccable, un placement irréprochable et un talent naturel à diriger sa défense. Capable de s'adapter à n'importe quel style de jeu, il devient capitaine à 22 ans. Mais plus qu'un simple joueur de foot, il apparaît pour les supporters du Milan AC comme un bandiera (porte-drapeau, figure emblématique d'un club, en Italie), attaché au club et en partageant ses valeurs. Ainsi, lorsque le Milan est rétrogradé en Serie B en 1980 (affaire Totonero, des paris faussés), puis deux ans plus tard (pour des raisons cette fois-ci sportives), Franco reste fidèle à son poste de Capitano et malgré de nombreuses offres alléchantes de divers clubs, il choisit de rester quand beaucoup d'autres joueurs font leurs valises. Cette fidélité se verra récompensée par de (très) nombreux titres plus tard et une affection unique - et inégalée - des supporters rossoneri.

La consécration

En 1986, Silvio Berlusconi rachète le Milan AC et investit plus de 100 milliards de lires dans le club, afin que celui-ci retrouve de son lustre d'antan. L'investissement se concrétise par les arrivées d'Arrigo Sacchi, un entraîneur dont le nom sera irrémédiablement attaché au renouveau du club, puis de joueurs comme les néerlandais Ruud Gullit, Marco van Basten et Frank Rijkaard en 1987 et 1988. Rapidement, le Milan AC se hisse dans la hiérarchie du football national remportant un titre de champion d'Italie en 1988, puis au sommet du football européen, en remportant 2 Coupes des clubs champions européens en 1989 et 1990. Si les succès du club sont dus en grande partie à l'efficacité du trio néerlandais, Franco Baresi reste néanmoins comme le leader indiscuté de l'équipe et l'un des grands piliers du jeu du Milan AC, par son rôle de capitaine et son influence sur le jeu défensif. Avec le jeune Paolo Maldini à gauche, Mauro Tassotti à droite, Baresi et Alessandro Costacurta au centre, la défense du Milan AC est considérée comme l'une des meilleures en Europe de tous les temps.

La défaite du Milan AC en quart de finale de la Coupe des clubs champions européens contre l'Olympique de Marseille en 1991 marque la fin de la période Arrigo Sacchi remplacé par Fabio Capello. Sous la houlette de ce nouvel entraîneur, le Milan AC renoue avec les titres : championnat d'Italie 1992, 1993, 1994 et 1996 ainsi qu'un nouveau titre en Coupe des clubs champions européens en 1994. Sur le terrain, de nombreux joueurs ont quitté le club (Gullit, van Basten, Rijkaard) d'autres sont arrivés (Marcel Desailly, Zvonimir Boban, Dejan Savicevic), seuls Franco Baresi et quelques joueurs comme Maldini, Tassotti et Costacurta restent fidèles au poste.

La fin d'une immense carrière

Franco Baresi met un terme à sa carrière en 1997 après 20 ans de haut niveau. Le club décide, honneur suprême, que son numéro 6 ne sera plus attribué. Cette marque de reconnaissance est extrêmement rare (Costacurta par exemple n'y aura pas droit parce qu'il a porté 2 numéros au cours de sa carrière, le 5 et le 19). Paolo Maldini endosse le brassard de capitaine et saura se montrer digne de son prédécesseur. Le club milanais organise également un tournoi nommé « 6 Per Sempre » (« 6 pour toujours »), qui donne lieu à des festivités à San Siro, de nombreuses étoiles du football sont conviées. Tout au long des années suivantes, une grande bannière à son effigie fera et fait encore aujourd'hui apparition régulière dans les tribunes.