SC Corinthians (2014-2016)

Malcom commence sa carrière avec les jeunes du SC Corinthians. C'est alors qu'en 2014, l'entraîneur Mano Menezes fait appel à lui dans l'équipe une.

Avec le Brésil U20, il participe au championnat sud-américain des moins de 20 ans en 2015. Lors du tournoi, il inscrit un but lors de six rencontres, contre le Pérou^[1]. Malcom et son équipe y décrochent la quatrième place. La même année, il décolle pour la Nouvelle-Zélande pour participer à la Coupe du monde des moins de 20 ans. Lors de la compétition, il joue cinq matchs^[2]. Le Brésil atteint la finale de la compétition, s'inclinant face à la Serbie.

Lors de la saison 2015, Malcom est titulaire régulièrement aux côtés de Vagner Love dans l'attaque des Corinthians, et l'équipe finit champion du Brésil.

Girondins de Bordeaux (2016-2018)

Malcom avec les Girondins de Bordeaux en 2018.

Le 31 janvier 2016, le jeune Brésilien de 18 ans change de continent et signe au Football Club des Girondins de Bordeaux lors du dernier jour du mercato hivernal, pour une somme avoisinant les 5 millions d'euros^[3]. Convaincu par son talent, Willy Sagnol a pu également compter sur l'avis de son ex-coéquipier, Zé Roberto qui a été impressionné par le joueur des Corinthians^[4]. Il fait ses débuts face à Saint-Étienne, le 7 février 2016, où il fait bonne impression en touchant la barre transversale. Bordeaux connaît une saison 2015-2016 compliquée, ce qui permet à Malcom de s'acclimater en douceur en jouant 13 matchs (2 buts).

Lors de la saison suivante, Malcom franchit un palier. Utilisé sur l'aile droite ou en soutien de l'attaquant, il constitue davantage un perforateur de défenses qu'un buteur ou un passeur. Il devient titulaire indiscutable à seulement 19 ans, en participant à 45 rencontres sur 46, et en étant décisif 16 fois (9 buts, 7 passes). Bordeaux termine sixième et se qualifie pour la Ligue Europa.

L'ex-joueur des Corinthians commence la saison sous un nouveau rôle, celui de leader technique. Après l'élimination précoce en Ligue Europa, le jeune Brésilien se pose des questions sur son avenir^[5]. Il décide finalement de rester après un échange avec Jocelyn Gourvennec. Cela n'impacte pas son début de saison en étant décisif six fois lors des six premiers matchs, avec notamment un doublé face à Lyon, dont une frappe dans la lucarne dans les derniers instants du match.

Il continue son bon début de saison en étant décisif. Il offre la victoire face à Toulouse dans un match accroché (1-0) en ouvrant le score d'une superbe frappe du pied gauche qui heurte la barre transversale d'Alban Lafont avant de rentrer dans les buts. Dans la déroute 6 à 2 face au Paris Saint-Germain, il est auteur d'un but sur penalty.

Très bon tireur de loin, il marque contre Saint-Étienne puis contre Dijon, lors des 15^e et 16^e journées, pour marquer les plus beaux buts du mois de novembre puis de décembre. Son missile contre Dijon de plus de 30 mètres dans la lucarne de Reynet est élu plus beau but de la saison de Ligue 1 lors de la cérémonie des Trophées UNFP.

Il est à nouveau important dans la quête vers la 6^e place remportée sous les ordres de Gustavo Poyet qui a remplacé Jocelyn Gourvennec en cours de saison. Il marque lors des trois dernières journées pour porter son total à 12 buts et 7 passes décisives. Au cours de ces deux saisons,l'international brésilien a régalé. Entre un but à la derniere seconde pour égaliser face à l'OL et une frappe de loin extraordinaire sur la pelouse du stade Gaston-Gerrard du Dijon FCO, sans oublier son coup franc face à Saint-Étienne, le Bresilien a regalé le Matmut Atlantique. Les marine et blanc, portés par son très bon duo offensif composé de Diego Rolan et Malcolm, terminent 6^e dans un duel acharne avec l'OM. La saison suivante, Bordeaux, malgré un début de saison convaincant, sombre dans la crise et patine en bas de tableau au milieu de la saison 2017-18 . Après le licenciement de Gourvennec, Bordeaux recrute Gustavo Poyet et augmente la marche. Les hommes de Poyet, qui patinaient dans le mileu du tableau à dix journées de la fin, réalisent une remontée spectaculaire pour accrocher la 6^e place synonyme de qualification au 3^e tour préliminaire de l'UEFA Europa League, grâce notamment à deux victoires face à Toulouse et Metz sur les scores de 4-2 et 4-0 et surtout une victoire importantissime 3 buts à 1 face à Saint-Étienne au stade Geoffroy-Guichard. Après deux saisons de bons et loyaux services, au cours desquelles le Brésilien aura su performer et s'épanouir, il répond aux appels du pied du Barca et s'en va chez les Blaugranas pour plus de 40 millions d'euros en été 2018.

FC Barcelone (2018-2019)

En juillet 2018, après un transfert avorté à l'AS Roma^[6], Malcom signe avec le FC Barcelone un contrat de cinq ans^[7]. Le montant du transfert s'élève à 41 millions d'euros tandis que la clause de départ est fixée à 180 millions d'euros.

Malcom joue son premier match pour Barcelone le 25 août 2018, contre le Real Valladolid, en championnat. Il entre en jeu à la place de Philippe Coutinho et son équipe s'impose par un but à zéro^[8]. Il inscrit son premier but avec le club catalan lors de la quatrième journée de la Ligue des champions, à l'occasion du match nul 1-1 sur la pelouse de l'Inter Milan. Il n'arrive néanmoins pas a s'intégrer dans le collectif barcelonais malgré quelques entrées remarquées. Les Blaugranas, qui remportent le championnat espagnol haut la main, perdent la finale de Coupe du Roi au face à Valence et se fait sortir en demi finales de ligue des champions. Malgré un succès 3-0 face à Liverpool avec un coup franc de Messi, les Blaugranas se font sortir 4 buts à 0 face à une équipe de Liverpool portée par Origi et Alexander-Arnold. C'est une saison décevante pour le Brésilien qui n'a pas réussi à convertir sa fougue après ses deux excellentes saisons réalisées sous les couleurs des Girondins de Bordeaux et n'aura pas réussi à se frayer un chemin dans l'effectif barcelonais. Le Barca s'en débarrasse logiquement au profit du club russe du Zénith Saint-Pétersbourg qui vient de remporter le championnat de Russie en 2019.

Zénith Saint-Pétersbourg (2019-2023)

Malcom avec le trophée de la Supercoupe de Russie en 2020.

En août 2019, il s'engage au Zénith Saint-Pétersbourg pour une durée de cinq ans. Le transfert est estimé à 40 millions d'euros (+ 5 millions de bonus)^[9]. Il joue son premier match sous ses nouvelles couleurs le 3 août 2019 contre le FK Krasnodar. Il entre en jeu à la place d'Alekseï Soutormine et les deux équipes font match nul (1-1)^[10].

Le 20 juin 2020, il se fait remarquer lors d'une rencontre de championnat face au CSKA Moscou en réalisant son premier doublé avec le Zénith. Il participe ainsi grandement à la victoire de son équipe par quatre buts à zéro^[11].

Le 25 juillet 2020, il est titulaire lors de la finale de la coupe de Russie 2019-2020 face au FK Khimki. Il provoque un penalty en faveur de son équipe, que transforme Artyom Dziouba. Il s'agit du seul but de la partie, permettant au Zénith de remporter le match et le trophée^[12].

Il prend de l'ampleur au sein du club du Zénith, grâce à son efficacité et à sa régularité lors de la saison 2022-2023. Durant l'été 2022, de nombreuses équipes européennes (Arsenal, West Ham United, et Newcastle United) s'intéressent à lui en raison de ses brillantes performances grâce à saison 2021-2022 ponctuée par 8 buts et 7 passes décisives en 34 matches toutes compétitions confondues. Alors qu'il avait la possibilité, grâce aux dispositions spéciales de l'UEFA, de changer de club temporairement pour une durée déterminée à cause de l'invasion russe en Ukraine, Malcom décide de prolonger son contrat jusqu'en 2027^[13].

En février 2023, le président du Zénith, Alexandre Medvedev, annonce que Malcom, ainsi que son compatriote Claudinho, sont éligibles à obtenir la nationalité russe d'ici mars 2023^[14]. Il reçoit le passeport russe le 24 février 2023 sur décret du Président Russe Vladimir Poutine ^[15].

Al-Hilal FC (2023-)

Le 26 juillet 2023 après 4 saisons passé au Zénith Saint-Pétersbourg Malcom quitte le club pour Al-Hilal FC pour la somme de 60 millions d'euros . Le montant de transferts le plus élevé de sa carrière . Le club Zénith Saint-Pétersbourg profite de l'offre de Al-Hilal FC pour dégager un profit sur le joueur qu'ils avaient acheté auparavant pour 44,50 millions d'euros au FC Barcelone.