عندما أعلنت إسرائيل نفسها كدولة، كان بن زفي من بين الموقعين على اعلان الاستقلال يوم الجمعة 14 ايار / مايو 1948. وخدم في الكنيست الأول والثاني لحزب ماباي. وانتخب رئيسا لإسرائيل في 8 كانون الأول / ديسمبر 1952، وعمل رئيسا لها حتى وفاته. وطوال فترة رئاسته، كان يعيش في منزل متواضع يتكون من كوخ خشبي في القدس. كان بن زفي باحثا معروفا في التاريخ اليهودي والإثنولوجيا، وفي تاريخ أرض إسرائيل. وقد سمي معهد بن زفي الذي يدرس تاريخ إسرائيل والجماعات اليهودية في شمال أفريقيا والشرق الأوسط باسمه.