Los Guerreros (2001-2004)

Après l'acquisition de la World Championship Wrestling par Vince McMahon, Chavo Guerrero fait ses débuts avec la World Wrestling Entertainment le 5 juillet 2001. Il est le nouveau membre de la faction The Alliance. Dans les semaines qui suivent, il fait équipe avec Hugh Morrus. Lors du Survivor Series 2001, Chavo participe à la « Bataille royale d'immunité », qui est remportée par Test^[9]. Avec la défaite de The Alliance, Chavo perd son emploi (kayfabe) à la WWE.

Chavo fait son retour avec la compagnie en 2002. Il est dirigé vers WWE SmackDown où il a une rivalité avec Rey Mysterio. Il commence également à faire équipe avec son oncle Eddie Guerrero. Ils remportent les ceintures en équipe lors du Survivor Series 2002 dans un Triple Treat Tag Team match^[10].

Au début de 2003, Los Guerreros commencent une rivalité avec la nouvelle équipe, dirigé par Kurt Angle, composé de Shelton Benjamin et Charlie Haas. Ces derniers remportent les ceintures par équipe au début de la rivalité. Elle continue à Wrestlemania XIX et à Backlash 2003, mais Team Angle sort champion à la fin^[11]. Le 15 mai 2003, lors de Smackdown!, Chavo se blesse et est absent pendant 6 mois. Il revient à la fin de l'année 2003 et refait équipe avec son oncle. Après quelques défaites en équipe contre les Basham Brothers et The World's Greatest Tag Team, l'attitude de Chavo envers Eddie change quelque peu et ils ont plusieurs disputes.

Cruiserweight Champion et rivalité avec Rey Mysterio (2004-2008)

Lors du Royal Rumble 2004, Chavo perd contre Eddie malgré les interventions de son père. Après cela, Chavo et son père entament ensuite un feud avec Rey Mysterio : le feud commence dans les vestiaires à Smackdown!, lorsque Eddie était attaqué et Mysterio pensait que c'était Chavo et Chavo Sr. qui avaient attaqué Eddie. Chavo expliquait qu'il détestait Mysterio puisque Mysterio chantait le thème de No Way Out et qu'il était le Cruiserweight Champion de la WWE. Lors du WWE No Way Out, il bat Rey Mysterio grâce à l'intervention de son père qui faisait tomber Mysterio. Lors du Judgement Day 2004, Chavo récupère son titre encore avec l'aide de son père. Chavo revient à Smackdown! et fait une face-turn en attaquant Billy Kidman.

Le 13 novembre 2005, Eddie Guerrero, l'oncle de Chavo décède^[12]. Il lui rend hommage, le 15 novembre lors d'un match où il bat JBL. Il soutient ensuite Rey Mysterio dans sa quête du titre de champion du monde puis effectue un heel turn en le trahissant au Great American Bash 2006. Cela donne plusieurs matches dans des PPV comme Summerslam 2006 (victoire de Chavo) et à No Mercy 2006. La feud se termine par une victoire de Chavito dans un I Quit match à Smackdown!. Chavo défie ensuite Chris Benoit pour le WWE United States Championship mais échoue au Survivor Series 2006.

ECW (2008-2009)

Chavo Guerrero, Jr, Vickie Guerrero et Teddy Long en 2008.

Le 22 janvier 2008, il remporte le titre de Champion ECW en battant CM Punk avec l'aide de Edge dans un match sans disqualification^[13]. Il participe au Royal Rumble 2008 en entrant en 26^e position mais se fait sortir en 22^e par le vainqueur John Cena^[14]. Le 17 février à No Way Out, il conserve le titre de Champion ECW contre CM Punk^[15]. À WrestleMania XXIV, Chavo Guerrero perd contre Kane en 8 secondes pour le titre de Champion ECW^[16]. À Night of Champions 2008, il affronte Matt Hardy pour le titre de Champion des États-Unis mais perd le match^[17]. Il a une nouvelle chance pour le titre le 4 juillet, face à Matt Hardy, Mr Kennedy et Shelton Benjamin dans un match Fatal-4 Way, mais Matt conserve son titre. À Unforgiven 2008, il affronte Mark Henry, The Miz, Finlay et Matt Hardy pour le ECW Championship remporté par Hardy^[18].

SmackDown (2009)

Le 31 octobre, lors du Spécial Halloween de Smackdown, il est désigné par Vickie Guerrero pour affronter l'Undertaker dans un Casket match et perd. À Smackdown, le 15 janvier 2009, il joue un match handicap (1 contre 2) avec The Miz face à Triple H qui remporte le match. Au cours de l'année, il participe à de nombreux matchs face à différents adversaires tels que MVP, R-Truth, John Cena. Lors de Wrestlemania 25, il accompagne Vickie Guerrero qui est en fauteuil roulant, plus tard, lors du combat pour le championnat poids lourds, il reçoit un attitude adjustment de John Cena ; ce dernier remporte le match.

RAW (2009-2010)

Lors du draft supplémentaire le 15 avril, il part à RAW. En juillet 2009, il entame une rivalité avec Hornswoggle et perd tous les matchs. Il enchaine aussi de nombreuses défaites contre Santino Marella. Depuis, ses apparitions se font plus rares. À Superstars, il perd contre Kofi Kingston. Il apparaît lors du Superstars du 11 mars 2010 où il fait équipe avec Carlito, mais ils s'inclinent face à MVP et Christian. À WWE Superstars, il perd son match contre Christian. Le 14 et 15 avril, participant alors aux shows WWE en France, il perd son match contre Evan Bourne.

Retour à SmackDown et départ (2010-2011)

Lors du draft supplémentaire du 27 avril 2010, il est drafté à SmackDown. Lors du SmackDown du 9 juillet il perd un Triple Threat Match de qualification pour le Money in the Bank de SmackDown contre MVP et Dolph Ziggler (le gagnant du match). Lors de Bragging Rights 2010 il perd un Dark Match contre MVP. Depuis le WWE SmackDown du 10 décembre, il entame une feud avec Santino Marella et Vladimir Kozlov. Il tente de les battre, mais échoue, la première semaine avec Drew McIntyre et la seconde avec Tyler Reks. Il perd contre Santino Marella lors du SmackDown "in USA" le 21 décembre. Le 30 janvier 2011, il entre en 10^e position au Royal Rumble 2011 et enchaîne plusieurs suplex sous les encouragements de la foule. Il est éliminé en 4^e position par Mark Henry. Le 4 février, il perd contre Kane pour se qualifier à l'Elimination Chamber. Lors du Smackdown du 4 mars il bat Tyler Reks dans un Dark Match. Lors de la 5^e saison de NXT Redemption, il est le pro de Darren Young. Lors du NXT du 3 mai, il bat son rookie Darren Young grâce à son Frog Splash avec Hornswoggle comme arbitre spécial et confirme son face turn. Lors de WWE SmackDown, il vient serrer la main de Sin Cara à la fin de son match contre Tyson Kidd. La semaine suivante, il l'aide à gagner son match contre Daniel Bryan mais Cara le pousse car il voulait gagner seul. Lors de NXT du 17 mai, il effectue encore un Heel turn en emprisonnant Hornswoggle puis en l'attaquant. Lors d'Over the Limit (2011), il perd contre Sin Cara. Deux jours plus tard, il reperd dans son match revanche.

Le 25 juin 2011, Guerrero démissionne car il trouve que sa carrière a longuement baissé à la WWE^[19].

TNA World Tag Team Champion et départ de la TNA (2012-2013)

Il fait ses débuts à la TNA le jeudi 26 juillet lors d'Impact Wrestling et se fait provoquer par Kid Kash et Gunner. Le 2 août il bat Kid Kash. Lors de Hardcore justice, Chavo Guerrero et Hernandez battent Kid Kash et Gunner. Guerrero et Hernandez, après avoir été choisis par Hulk Hogan comme les prétendants numéro un, ont combattu en vain Christopher Daniels et Kazarian pour le TNA World Tag Team Championship. Il bat Kurt Angle le 4 octobre lors de Impact Wrestling. Lors de Bound for Glory, Hernandez et lui battent Christopher Daniels et Kazarian puis Kurt Angle et A.J. Styles pour remporter le TNA Tag Team Championship^[20]. Lors de Final Resolution, Hernandez et lui battent Joey Ryan et Matt Morgan par disqualification et conservent leurs titres. Lors de Genesis 2013, Hernandez et lui battent à nouveau Joey Ryan et Matt Morgan et conservent leurs titres.

Ils perdent leur titre le 7 février contre Austin Aries et Bobby Roode^[21]. Lors de Lockdown 2013, Hernandez et lui perdent contre Austin Aries et Bobby Roode dans un match qui comprenait également Christopher Daniels et Kazarian et ne remportent donc pas le TNA World Tag Team Championship^[22]. Lors du 454^e IMPACT Wrestling, Hernandez et lui perdent contre Austin Aries et Bobby Roode et ne remportent pas le TNA World Tag Team Championship.Lors du 457^e IMPACT Wrestling, lui et Hernandez battent Austin Aries et Bobby Roode et gagnent le TNA World Tag Team Championship pour la deuxième fois. Lors de Slammiversary XI, ils perdent leur titres contre James Storm & Gunner dans un 4-Way tag teams Elimination Match qui comprenait aussi Bad Influence & Austin Aries & Bobby Roode. lors de l Impact Wrestling du 6 juin il perd contre Hernandez dans un Bound For Glory Series Qualifying Match.

Lors de Impact Wrestling du 12 décembre, dans le Feast Or Fired Match, Gunner a été l'un des quatre participants (ainsi que Gunner, Ethan Carter III et Zema Ion) pour récupérer une mallette pour la mallette 4.

Le 19 décembre, sa mallette étant celle qui contenait Pink Slip, le fait renvoyer de la TNA. Le soir même, le profil de Guerrero a été supprimé de impactwrestling.com.