Dinamo Zagreb

Vahid Halilhodžić est son premier entraîneur.

À l’âge de 16 ans et 198 jours, Kovačić est lancé dans le grand bain par Vahid Halilhodžić, lors d’une rencontre à l'extérieur de Prva HNL contre le Dragovoljac Zagreb, le 20 novembre 2010. Il y inscrit son premier but professionnel en marquant le but du quatre-zéro. Le match se termine sur un six à zéro en faveur des Modri. Il devient ainsi le plus jeune buteur de l’histoire du Championnat de Croatie, devant Dino Špehar qui avait marqué une semaine plus tôt pour le NK Osijek à l'âge de 16 ans et 278 jours, le 13 novembre 2010^[2],[6],[7]. Pour la fin de la saison 2010-2011, il dispute six autres matchs en ligue croate et deux matchs en coupe croate. Il remporte lui et son équipe la Prva HNL avec 17 points d'avance sur son concurrent direct, le HNK Hajduk Split^[8].

Au début de la saison 2011-2012, Kovačić démontre à son nouvel entraîneur, Krunoslav Jurčić, qu'il peut tenir une place de titulaire au sein de l'effectif croate, lors des tours préliminaires et des barrages de la ligue des champions grâce à ses six matchs consécutifs de haute volée qui permettront au Dinamo de revenir en C1, 12 ans après leur dernière apparition, le 2 novembre 1999 face à l'Olympique de Marseille^[9]. En Ligue des champions, à seulement 17 ans, lors de première rencontre du groupe D, il apparaît dans le onze de départ face au Real Madrid, il est remplacé à la 63^e minute par Nikola Pokrivač, défaite un but à zéro des Modri^[10]. Parallèlement en championnat, pendant le match contre le NK Lučko (en), il reprend le brassard de capitaine au profit de Leandro Cufré. Il devient ainsi le plus jeune joueur de l'histoire du Dinamo Zagreb à endosser le maillot de capitaine^[11]. La rencontre comptant pour la sixième journée du groupe D, face à l'Olympique lyonnais, voit Kovačić ouvrir le score à la suite de deux arrêts successifs de Hugo Lloris sur des frappes de Bećiraj, le ballon arriva au second poteau où Kovačić propulsa le cuir dans les filets des Gonnes, ce but, le fait devenir le deuxième plus jeune buteur de la ligue des champions derrière Peter Ofori-Quaye, c'est par ailleurs le premier de Mateo en coupe européenne^[12]. Malgré ce but, Lyon l'emporte sur le très large score de 7 à 1^[13]. En coupe de Croatie, il joue sept rencontres soit toutes les rencontres possibles dont la finale aller-retour, pendant laquelle il inscrit un but lors du retour, son équipe remporte le retour 3-1 à la suite d'un 0-0 à l'aller, et est donc sacré vainqueur de la coupe de Croatie au profit du NK Osijek. À la fin de la saison, Kovačić pointe son compteur de but à sept buts toutes compétitions confondues, cinq en championnat, un en coupe et un en Ligue des champions, tandis que les Purgeri et lui sont une nouvelle fois sacrés champion de Croatie avec 21 points d'avance sur le deuxième, le HNK Hajduk Split^[14].

Inter Milan

À la suite du départ de Wesley Sneijder au Galatasaray SK en milieu de saison, l'Inter Milan décide de se tourner vers l'avenir et mise sur Kovačić lors du dernier jour du mercato hivernal pour mener son milieu de terrain avec un transfert qui avoisine les 11 millions d'€^[15]. Il y récupère le n^o 10 laissé vacant par le Néerlandais^[16].

Le 28 août 2014, Mateo Kovačić inscrit ses trois premiers buts sous les couleurs de l'Inter Milan en Ligue Europa contre les Islandais du Ungmennafélagið Stjarnan (victoire 6-0 de l'Inter).

Le 21 décembre 2014, alors que l'Inter Milan est mené face à la Lazio Rome 2 buts à 0, Kovacic réduit le score sur une magnifique reprise de volée. Le match se terminera finalement sur le score de 2-2.

Real Madrid

Le 18 août 2015, le Real Madrid officialise la venue du jeune croate pour un montant estimé à 35 millions d'euros. Il signe pour six ans et y porte le numéro 16, il y gagnera 3 LDC^[17].

Chelsea FC

Le 8 août 2018, Kovačić est prêté à Chelsea pour un an. Il fait ses débuts dans une victoire 3 à 2 à domicile contre Arsenal le 18 août, en tant que remplaçant en seconde période.

Le 1^er juillet 2019, Kovačić rejoint définitivement Chelsea, en signant un contrat de cinq ans contre 45 millions d'euros^[18]. Kovačić marque son premier but pour Chelsea le 27 novembre 2019, lors d'un match nul 2–2 en Ligue des champions contre Valence au Stade de Mestalla.

Manchester City

Mateo Kovačić rejoint Manchester City pour la somme de 30 millions d'euros en juin 2023. Il signe un contrat de quatre ans et remplace İlkay Gündoğan, parti en fin de contrat au FC Barcelone^[19]. Concernant son arrivée, Kovačić dit : « J'arrive dans un grand club, avec un grand entraîneur, pour apprendre et devenir la meilleure version de moi-même »^[20].