Toulouse FC (2007-2013)

Moussa Sissoko rejoint l'équipe professionnelle du TFC en juin 2007 à l'âge de 17 ans et commence à se faire connaitre du grand public lors de quatre matchs de préparation du Toulouse Football Club en juillet 2007 (face à une sélection régionale, Sète, Rodez et Marseille) où il impressionne les spectateurs présents.

Il fait ses débuts en Ligue 1 le 3 août 2007^[4] à Valenciennes où il rentre à la 66^e minute à la place de Fabinho, portant son nouveau maillot 22 du « Téfécé ». Le match suivant, il est titulaire contre l'Olympique lyonnais^[4] (victoire du TFC 1-0). Le 15 août 2007, il débute en Ligue des champions face à Liverpool^[4]. Il marque son premier but officiel le 1^er septembre 2007, au Stadium de Toulouse, face à l'AJ Auxerre^[4] (victoire 2-0). Son but face à Schirrhein en coupe de France le 24 janvier 2009 lui permet de connaître une fin de saison très remarquée^[4].

Grand espoir du Toulouse FC, Moussa Sissoko est appelé par l'ancien entraîneur toulousain, Erick Mombaerts en sélection espoirs de l'équipe de France en septembre 2008.

Le 3 août 2009, après sa saison avec le Toulouse FC, Raymond Domenech le convoque^[5] dans le groupe qui affronte les Îles Féroé dans le cadre des éliminatoires de la Coupe du monde 2010. Il n'entre pas en jeu lors de la victoire 1-0 de l'équipe de France (but de son coéquipier André-Pierre Gignac), mais marque au match suivant contre Saint-Étienne, avec son club de Toulouse. Il honore finalement sa première sélection en équipe de France au Stade du Roudourou à Guingamp le 10 octobre 2009, lors du match France - Iles Féroé, en entrant à la 62^e minute de jeu.

Le 6 février 2011, lors de la 22^e journée de Ligue 1, il marque le premier doublé de sa carrière face à l'AS Monaco (score : 2-0) en donnant la victoire à ses partenaires.

Le 4 octobre 2012, Moussa Sissoko est convoqué^[6] en équipe de France par Didier Deschamps plus de 2 ans après sa dernière sélection en août 2010 contre la Norvège.

En 2017, à l'occasion des 80 ans du Toulouse Football Club, il est élu dans l'équipe de légende toulousaine sur le site internet du club^[7].

Newcastle United (2013-2016)

Le 24 janvier 2013, Moussa Sissoko signe à Newcastle pour une indemnité de transfert de 2,5 millions d'euros. Le 29 janvier suivant, il est titulaire pour son premier match l'opposant à Aston Villa. Le samedi 2 février, pour son deuxième match, Moussa Sissoko inscrit un doublé lors de la victoire de Newcastle contre Chelsea (3-2), recevant une ovation de la part des supporters de St James Park lors de sa sortie. Le 24 février 2013, Newcastle est mené 1 à 0 face à Southampton FC. À la 33^e minute, Moussa Sissoko inscrit un but qui permet à Newcastle d'égaliser. Les magpies l'emportent finalement quatre buts à deux.

Ces bonnes performances lui valent d'être courtisé par les grands clubs d'Europe comme Arsenal. Cependant, il exprime son envie de rester à Newcastle où il est devenu un titulaire indiscutable^[8]. Il prend part à trente-huit matchs (dont 2 en tant que capitaine) lors de sa première saison complète au club qui termine à la 10^e place. Le 1^er mars 2014, il inscrit un nouveau doublé lors d'un match à l'extérieur contre Hull City (1-4).

Il fait une nouvelle saison pleine la saison suivante mais le club est maintenu lors des dernières journée de championnat, en terminant à la 15^e place.

La saison 2015-2016 est plus dramatique, s'il continue à être un joueur important du collectif et un titulaire indiscutable, le club va mal et termine la saison à la 18^e place, se retrouvant relégué en seconde division anglaise. Capitaine lors du dernier match, face à son futur club Tottenham Hotspur (alors troisième du championnat) il prend part à la victoire ubuesque de son équipe 5 buts à 1 au St James' Park, en offrant tout d'abord la balle de 2-0 à Aleksandar Mitrović, puis en provoquant le penalty transformé par Georginio Wijnaldum à la 73^e minute (3-1).

En trois années passés à Newcastle, il totalise 133 matchs, 19 passes décisives, 12 buts et 9 capitanats.

Tottenham Hotspur (2016-2021)

Annoncé du côté d'Everton, Moussa Sissoko s'engage finalement pour le club anglais de Tottenham le 31 août 2016 pour 5 ans^[9]. Le club l'arrache lors du dernier jour du mercato en signant un chèque de 35 millions d'euros. Mais après quelques mois, l'international tricolore n'a pas répondu totalement aux attentes de son nouveau coach. "Sissoko doit travailler davantage et me montrer à l'avenir qu'il mérite d'être dans l'équipe", a lâché Mauricio Pochettino.

Lors de la 18^e journée de Premier League par un déplacement à Southampton. Moussa Sissoko n'est pas certain de faire partie du onze de départ mais signe encourageant, il a participé aux quatre dernières rencontres de championnat (1 titularisation et 3 entrées en jeu), distillant au passage ses deux premières passes décisives face à Swansea et à Burnley et réalisant sa meilleure performance de la saison face à Hull (3-0). Il ne s'est pas non plus aidé en assénant un coup de coude à un joueur de Bournemouth le 22 octobre, puni par trois matches de suspension. Il a ainsi raté le derby face à Arsenal et Pochettino l'a laissé à la maison lors du choc face à Chelsea. Incontournable à Newcastle où il portait le brassard de capitaine, il doit désormais se faire une place au sein d'un effectif très fourni (Alli, Dembélé, Eriksen, Wanyama, Son Heung-min et Lamela)^[10],[11].

Le 30 septembre 2017, Moussa Sissoko marque son premier but pour Tottenham en championnat face à Huddersfield (0-4). Le 25 octobre, il inscrit le deuxième lors d'un match de League Cup perdu contre West Ham (2-3).

Cependant au début de la saison 2018-2019, il reprend une place de titulaire et est nommé pour le titre du joueur du mois de Novembre en Premier League. Titularisé par Mauricio Pochettino lors de la victoire des Spurs face à Manchester City en quart de finale de Ligue des Champions (1-0), Moussa Sissoko a brillé et conquis l’ensemble du Tottenham Hotspur Stadium. Longtemps critiqué, l’international français l’a fait savoir dans des propos rapportés par L'Équipe. « C’est une très bonne saison pour moi, surtout après mes deux premières saisons ici qui ont été très compliquées. Pour moi, tout avait été compliqué jusque-là, et avec les fans non plus, ce n’était pas facile. Lorsque les choses ont commencé à changer, j’étais vraiment content^[12]. Qualifié pour finale de la Ligue des champions, il provoque une main et concéde l'ouverture du score sur penalty après deux minutes de jeu. Le milieu de terrain français était en train de faire un signe du doigt à sa défense, pour replacer ses hommes. Son bras était donc entièrement décollé du corps. Mais le ballon commence par rebondir sur sa poitrine avant de toucher le bras^[13]. Au terme d'une finale peu spectaculaire, Liverpool remporte la Ligue des champions (0-2)^[14].

Au début de la saison 2019-2020, Moussa Sissoko confirme sa très bonne saison passée en distribuant une passe décisive à Harry Kane lors de la victoire contre Aston Villa (3-1) à l'occasion de la première journée de Premier League. En novembre, à la suite des mauvais résultats du club, Mauricio Pochettino est limogé et José Mourinho est nommé à sa place. Pour le premier match sous les ordres du technicien portugais, Sissoko dispute son 100^e match en Premier League avec les Spurs face à West Ham (victoire 2-3). Il marque son premier but depuis deux ans avec Tottenham contre Bournemouth (victoire 3-2) en reprenant un centre de Son Heung-min d'une reprise acrobatique^[15]. Il marque de nouveau quelques jours plus tard lors de l'écrasante victoire des Spurs contre Burnley (5-0)^[16].

Watford FC (2021-2022)

Le 27 août 2021, l'international français signe pour deux saisons avec le Watford FC mais quitte le club début juillet 2022^[17].

FC Nantes (depuis 2022)

Le 1^er juillet 2022, il fait son retour en France au FC Nantes pour deux saisons^[18].