América FC (2009-2010)

Santos FC (2010-2011)

Le 1^er juin 2010, Danilo est transféré au Santos FC, après l'acquisition par le club pauliste de 37,5 % des droits détenus par le Grupo Sonda et bien que son club d'origine, l'América Mineiro, dispose toujours de 25 % de ses droits^[1].

Le 16 juin 2011, il joue la finale aller de la Copa Libertadores contre le CA Peñarol au stade Centenario de Montevideo. Son club, le Santos FC, obtient un match nul zéro à zéro à l'extérieur. Le 22 juin 2011, lors de la finale retour, il est titulaire et inscrit à la 69^e minute le second but de la victoire par deux buts à un du Santos FC, ce qui permet au club brésilien de remporter la Copa Libertadores^[2].

FC Porto (2011-2015)

Le 19 juillet 2011, il signe au FC Porto pour un montant de 13 millions d'euros^[3]. Néanmoins, le Santos FC se met d'accord avec son homologue portugais afin que le joueur reste jusqu'en décembre 2011 pour disputer le Mondial des clubs 2011^[4]. Il rejoint définitivement le club portugais le 4 janvier 2012 pour une durée de cinq ans^[5]. Peu après son arrivée, lors du match de Ligue Europa contre Manchester City remporté par les Anglais sur le score de deux buts à un, Danilo se blesse gravement aux ligaments du genou^[6].

Le 10 mars 2015, à la 18^e minute du match retour du huitième de finale de la Ligue des champions entre son équipe et le FC Bâle, il se blesse dans un choc spectaculaire avec son gardien Fabiano^[7]. Il est remplacé par Bruno Martins Indi et directement emmené à l'hôpital^[8]. Sans lui, son équipe se qualifie toutefois pour les quarts de finale en battant les Suisses par 4 buts à zéro.

Real Madrid (2015-2017)

Le 31 mars 2015, le FC Porto et le Real Madrid trouvent un accord à hauteur de 31 millions d'euros pour le transfert du jeune défenseur brésilien de 23 ans. Il signe un contrat de cinq ans et rejoint son nouveau club, le Real Madrid, le 1^er juillet 2015^[9].

Remplaçant au coup d'envoi, il entre en jeu à la place Dani Carvajal à la 52^e minute et remporte sur le terrain avec le Real Madrid la Ligue des champions de l'UEFA 2015-2016.

Manchester City (2017-2019)

Il quitte l'Espagne pour l'Angleterre et Manchester City le 23 juillet 2017, y paraphant un contrat de cinq ans pour un montant de 30 M€.

Juventus (depuis 2019)

Il quitte l'Angleterre pour l'Italie et rejoint la Juventus le 6 août 2019. Danilo rejoint les Bianconeri pour une somme de 37M € + un joueur échangé (João Cancelo faisant lui le chemin inverse)^[10]. Le joueur brésilien dispute son premier match avec la formation turinoise le 10 août 2019, lors d'un match amical dans le cadre de la dernière journée de l'International Champions Cup 2019 face à l'Atlético Madrid, en entrant en jeu à la 71^e minute de jeu à la place de Mattia De Sciglio (défaite 2-1 à la Friends Arena^[11]). Le 13 août 2019, il est officiellement présenté à la presse, où il annonce qu'il portera le numéro 13^[12]. Le 31 août 2019 lors de la deuxième journée de championnat opposant la Juventus et le SSC Napoli, Danilo entre à la suite de la blessure de son coéquipier Mattia De Sciglio, quelques secondes après son entrée et sur son deuxième ballon, Danilo marque son premier but sous le maillot turinois