Willem II (2015)

Frenkie de Jong joue son premier match d'Eredivisie avec le Willem II le 10 mai 2015 en remplaçant Terell Ondaan à la 68^e minute face à l'ADO La Haye à domicile (victoire 1 à 0)^[4].

Ajax Amsterdam (2016-2019)

Lors de la saison 2015-2016 et 2016-2017, il évolue avec l'équipe jeune de l'Ajax Amsterdam (Jong Ajax), faisant de lui l'un des milieux de terrain les plus prometteurs du championnat néerlandais en duo avec Abdelhak Nouri lorsqu'il est titularisé avec l'équipe principale^[5].

De Jong joue son premier match avec l'équipe première le 21 septembre 2016, à l'occasion d'une rencontre de coupe des Pays-Bas face à son ancien club, Willem II. Il entre en jeu à la place de Riechedly Bazoer lors de cette rencontre remportée par l'Ajax (5-0)^[6]. Il inscrit son premier but avec l'équipe première de l'Ajax le 7 mai 2017, contre Go Ahead Eagles, en championnat. Entré en jeu, il participe à la victoire de son équipe par quatre buts à zéro^[7].

Lors de la saison 2016-2017, il participe également avec l'Ajax Amsterdam à la Ligue Europa. L'Ajax se hisse jusqu'en finale de la compétition, disputée le 24 mai 2017 contre Manchester United. Il rentre en jeu lors de cette finale, en remplaçant Jaïro Riedewald à la 82^e minute de jeu et son équipe s'incline par deux buts à zéro^[8].

Le 5 mars 2019, l'Ajax élimine le Real Madrid lors match retour des huitièmes de finale de la Ligue des champions de l'UEFA 2018-2019 (1-4), match durant lequel il réalise une performance remarquée. Le club élimine la Juventus le 16 avril suivant lors du match retour des quarts de finale de la Ligue des champions (2-1) où il brille à nouveau. L'Ajax est éliminé en demi-finales par Tottenham. Frenkie de Jong est désigné "Meilleur milieu de terrain de la LDC 2018-2019" par l'UEFA.

FC Barcelone (à partir de 2019)

Le 23 janvier 2019, lors du mercato d'hiver de la saison 2018-2019, il décide de signer au FC Barcelone à partir de la saison 2019-2020. Le montant de l'opération s'élève à 75 millions d'euros plus 11 millions en variables. Sa clause de départ est de 400 millions d'euros^[9]. Le joueur s'engage avec le Barça pour cinq saisons, jusqu'à la fin de l'exercice 2023-2024^[10]. Il signe pour le Barça trente ans, jour pour jour, après son compatriote et actuel sélectionneur néerlandais Ronald Koeman^[11]. Il devient le 20^e joueur néerlandais de l'histoire du Barça^[12].

Il joue son premier match sous ses nouvelles couleurs le 16 août 2019, dès la première journée de championnat contre l'Athletic Bilbao. Son équipe s'incline sur le score de un but à zéro ce jour-là^[13]. Le 14 septembre 2019, il inscrit son premier but sous les couleurs du Barça face au Valence CF lors de la quatrième journée de championnat, participant à la victoire des blaugranas (5-2)^[14].

Il obtient la onzième place au classement du Ballon d'or 2019.

Frenkie de Jong s'adapte rapidement au jeu du FC Barcelone et il est le joueur le plus utilisé par l'entraîneur Ernesto Valverde.

Le 20 octobre 2020, Frenkie de Jong prolonge son contrat avec le FC Barcelone jusqu'en juin 2026^[15]. Lors de la saison 2020-2021, il s'impose comme une pièce maitresse de l'équipe sous les ordres de son compatriote Ronald Koeman, s'illustrant notamment en marquant davantage. Il inscrit un but en finale de Coupe du Roi face à l'Athletic Bilbao. Il s'agit de la saison la plus prolifique de sa carrière, marquant 7 buts, distillant 7 passes décisives et remportant par la même occasion son premier trophée avec le club.

Sa saison 2021-2022 est moins convaincante, avec une utilisation moins importante dès l'arrivée de Xavi en qualité d'entraîneur. Le jeune Gavi, formé à la Masia lui est fréquemment préféré pour compléter l'entrejeu barcelonais en compagnie de Pedri et du capitaine Busquets.

En mai 2023, De Jong devient le capitaine du FC Barcelone après le départ de Busquets.