Prologue

Le jeu s'ouvre sur Metropolis, totalement détruite par une ogive nucléaire utilisée par le Joker (Richard Epcar). Ce dernier, retenu au GCPD de Gotham City, subit un interrogatoire musclé de Batman (Kevin Conroy) qui veut savoir comment il s'est approprié l'arme. C'est alors que Superman (George Newbern) fait son entrée et s'en prend au Clown. Malgré les tentatives de Batman pour l'arrêter, l'homme d'acier tue le Joker en lui arrachant le cœur.

Chapitre 1 - Batman

Sur Terre-1, la Ligue des Justiciers affronte la Légion du Destin, dirigée par Lex Luthor (Mark Rolston)^[2]. Batman, se rend à l'asile d'Arkham, ayant constaté que le Joker est devenu trop calme ces derniers temps, et découvre que Luthor a envoyé Deathstroke libérer le clown^[2]. Le chevalier noir se rend à la Tour de Guet, où il affronte Bane ((Fred Tatasciore), puis Lex Luthor et apprend que ce dernier a donné une ogive nucléaire au Joker qui s'apprête à la faire exploser dans Metropolis^[2]. Arrivé sur les lieux, Batman essaye d'arrêter le clown, mais se retrouve téléporté avec lui, ainsi qu'avec Wonder Woman (Susan EisenbergSusan Eisenberg), Green Arrow (Alan Tudyk), Hal Jordan / Green Lantern (Adam Baldwin) et Aquaman (Phil LaMarr), dans une version alternative de leur monde qui est devenue une dictature sous le contrôle de Superman et où Batman est un criminel recherché^[2].

Chapitre 2 - Green Lantern

Tandis que Wonder Woman, Aquaman et Green Arrow enquêtent sur le monde dans lequel ils ont atterris, Green Lantern se rend à l'aéroport Ferris afin de recharger son anneau^[2]. Sur place, il découvre Raven (Tara Strong) et Cyborg (Khary Payton) en train de torturer Deathstroke (J. G. Hertzler). Après les avoir neutralisé et libéré le mercenaire, Wonder Woman et Green Arrow le contactent pour qu'il leur vienne en aide face à Sinestro (Troy Baker)^[2]. Green Lantern arrive, bat son grand ennemi et rencontre son double arborant la tenue d'un Yellow Lantern. Ce dernier révèle qu'il a rejoint le Sinestro Corps car il a compris que la peur est plus forte que la volonté^[2].. En colère, Green Lantern affronte son double et le bat^[2].. Ils croisent peu après le Batman de ce monde^[2].

Pendant ce temps, sur Terre-1, Superman, aidé de Cyborg et Flash (Neal McDonough), essaie de localiser l'endroit où leurs alliés ont atterris^[2].

Chapitre 3 - Aquaman

Dans le même temps, Aquaman se rend à la bibliothèque d'Atlantis, son royaume, afin d'en savoir un peu plus sur la situation de ce monde. Il est confondu avec son homologue de Terre-Unie, est amené auprès des émissaires Flash et Shazam (Joey Naber) pour signer un traité entre Atlantis et Terre-Unie. Il apprend avec rage que le traité a pour objectif d'asservir totalement Atlantis au gouvernement et affronte alors Flash et Shazam, puis son double. Par la suite, il se retrouve face à Arès (J. G. Hertzler), dieu de la Guerre, qui a senti le combat entre les deux Aquaman. Aquaman découvre assez rapidement que Arès est plus faible que d'habitude. Ce dernier lui révèle que depuis que Superman a instauré sa dictature, le conflit a disparu, ce qui a affaibli le dieu de la Guerre.

Arès téléporte ensuite le roi d'Atlantis auprès de ses amis et du Batman de Terre-Unie, qui dirige un groupe rebelle à la dictature, l'Insurrection. Ce Batman, aidé du Lex Luthor de Terre-Unie, est à l'origine de la téléportation des héros vers son monde, les ayant choisi afin de l'aider à récupérer une arme à kryptonite qu'il avait conçu pour neutraliser Superman en cas de nécessité. Cette arme se trouve scellée dans la Batcave, et il a besoin de leur ADN pour la récupérer.

Pendant ce temps, le Superman de Terre-Unie teste un collier de contrôle sur Doomsday (Khary Payton), qu'il a capturé. Il apprend de la part de Yellow Lantern, que des doubles d'eux-mêmes ont été aperçus, attisant sa curiosité.

Chapitre 4 - Le Joker

Le Joker, qui s'est enfui de son altercation avec Batman, arrive à Gotham, où il est rattrapé par le Chevalier Noir. Après l'avoir mis à terre, le Clown se cache après avoir aperçu Yellow Lantern et Hawkgirl (Jennifer Hale) venus arrêter la Chauve-Souris. Ce dernier est alors emmené vers Superman qui découvre qu'il s'agit d'un double alternatif.

Le Joker se retrouve ensuite face à la Harley Quinn (Tara Strong) de Terre-Unie, qui le prend pour un imposteur et l'affronte. Le Joker, vainqueur, parvient à convaincre Quinn que, bien qu'il vienne d'un monde différent, il reste le Joker. Heureuse de retrouver son Monsieur J., Harley emmène ce dernier à l'Asile d'Arkham, qui est devenue sa planque. La jeune femme lui apprend alors tout ce qui s'est passé. Le Clown prend la décision de reformer son gang et de répandre le chaos dans le régime. Mais la planque est vite attaqué par un commando du régime dirigé par Nightwing et Hawkgirl. Harley Quinn contacte alors le Batman de Terre-Unie pour les aider. Après avoir vaincu le commando et fait fuir Hawkgirl et Nightwing, le Joker est vite maîtrisé par l'Insurrection. Bien que Harley pense qu'il pourrait être utile, le Batman de Terre-Unie refuse de faire équipe avec le Joker, trop dangereux et imprévisible, et l'enferme. Il apprend cependant que Batman de Terre-1 a été fait prisonnier, mais il faut finir la mission pour pouvoir le libérer.

Pendant ce temps, Lex Luthor recrute Deathstroke dans l'Insurrection. Sur Terre-1, Superman, Cyborg et Flash ont réussi à localiser leurs alliés. Pour les faire revenir, Flash propose de modifier son tapis roulant cosmique, afin de générer un portail qui permettra de ramener tous les héros d'un coup.

Chapitre 5 - Green Arrow

Les insurgés se rendent au manoir Wayne pour récupérer l'arme à kryptonite scellée dans la Batcave.

Pendant que Batman et Aquaman activent le générateur auxiliaire de la Batcave, Green Arrow, Green Lantern et Wonder Woman détruisent les drônes qui gardent son entrée. Ils sont alors pris en embuscade par Killer Frost (Jennifer Hale) et Solomon Grundy ((Fred Tatasciore). Après les avoir neutralisés, le groupe se rend dans la Batcave pour récupérer l'arme, cachée dans les murs de la grotte, qui contenait du plomb, empêchant ainsi Superman de la localiser. Une fois l'arme récupérée, les héros sont attaqués par la Wonder Woman de Terre-Unie et Black Adam (Joey Naber). Ce dernier utilise le pouvoir d'Aton, qui endommage l'arme et la rend inutilisable. Les héros décident de retourner au QG de l'Insurrection pour que Lex Luthor en fabrique une nouvelle.

Pendant ce temps, ce dernier discute avec le Superman de Terre-Unie. Le haut-conseiller lui demande de lui créer un scanner qui lui permettra de localiser les versions alternatives des héros et plus facilement les arrêter. Il lui explique aussi la possibilité qu'il puisse y avoir une Loïs Lane dans le monde d'où ils viennent.

Chapitre 6 - Cyborg

Sur Terre-1, Cyborg, à l'aide de Flash et Superman, utilise le tapis de course de Flash, converti en générateur de portail, pour pouvoir récupérer leurs amis. Mais la machine s'emballe et Cyborg est téléporté sur Terre-Unie. Il surprend alors une conversation entre le Lex Luthor et le Deathstroke de ce monde et les attaque. Le Batman de Terre-Unie et les héros de Terre-1 mettent fin au malentendu et exposent toute la situation à Cyborg.

Pendant ce temps, Superman découvre le plan de Batman. Il décide alors d'annoncer publiquement l'exécution du Batman de Terre-1 sur Stryker Island, dans l'objectif d'attirer l'Insurrection dans un piège. Mis au courant, l'Insurrection s'organise pour essayer de sauver Batman : tandis que Aquaman fera diversion, les autres feront sortir Batman. Cyborg et Deathstroke, quant à eux, infiltrent le Hall de Justice pour prendre le contrôle des téléporteurs de la Tour de Guet et s'en servir pour téléporter Batman hors de Stryker.

Dans le Hall de Justice, Cyborg prend l'apparence de son double pour pouvoir récupérer les codes du téléporteur sans attirer les soupçons. Mais il est vite démasqué par Catwoman (Grey DeLisle), qu'il bat rapidement, avant de se retrouver confronté au Cyborg de ce monde. Une fois vaincu, Cyborg est rejoint par Deathstroke et tous deux se rendent vers la Tour de Guet.

Chapitre 7 - Deathstroke

Tandis que Cyborg pirate les codes pour prendre le contrôle des téléporteurs, Deathstroke part de son côté et se retrouve confronté à Flash et Shazam. Après les avoir battus, il sabote le réacteur principal de la Tour de Guet, ce qui la fera exploser. La mission étant compromise, Cyborg avertit Batman qu'ils auront peu de temps pour téléporter tout le monde. Luthor contacte à son tour Cyborg pour demander à Deathstroke de lui procurer un prototype d'arme pour la kryptonite. Cependant, Luthor insiste pour ne pas mettre Batman dans la confidence, ne voulant pas prendre le risque de perdre le visage de l'Insurrection. Pendant ce temps, Harley Quinn, à nouveau manipulée par le Joker, libère ce dernier de sa prison. Deathstroke se rend à Ferris Aircraft pour récupérer l'arme prototype et se bat contre Wonder Woman et Killer Frost. L'arme en sa possession, il contacte Cyborg pour le ramener auprès de Luthor.

Chapitre 8 - Batman (Terre-Unie)

Pendant ce temps, le Batman de Terre-Unie et les héros de Terre-1 sont en position et lancent leur assaut. Aquaman, accompagné de Green Lantern et Wonder Woman, lance sa diversion avec une armée de monstres marins. Batman et Green Arrow profitent de la diversion pour infiltrer Stryker, mais se retrouvent confrontés à Catwoman et Nightwing. Catwoman révèle à Batman qu'elle cherchait à le protéger et cherche à le convaincre de tout abandonner pour fuir avec elle, mais le Chevalier Noir refuse, brisant le cœur de cette dernière qui l'affronte. Par la suite, Green Arrow découvre que le Nightwing de Terre-Unie n'est pas Dick Grayson (Troy Baker), mais Damian Wayne (Neal McDonough), le propre fils de Bruce Wayne, qui l'a trahi au profit de Superman et qui a également tué le Nightwing original. Batman bat rapidement son fils et continue sa mission avec Green Arrow.

Au moment du sauvetage du Batman de Terre-1, le Batman de Terre-Unie est forcé d'affronter Green Arrow, sous le contrôle mental de Raven, puis Yellow Lantern. Durant la bataille, le Superman de Terre-Unie découvre la supercherie et part directement vers les deux Batman et Green Arrow. Le Chevalier Noir confronte alors son ancien ami à ses actions, mais Superman ne veut rien entendre et essaye de le tuer. Mais les trois héros sont téléportés au dernier moment vers la Tour de Guet. Devinant leur destination, Superman fonce vers la Tour de Guet. Mais celle-ci explose et Superman, emporté, survit malgré tout. A ce moment là, il entend Lex Luthor lui crier que tout est terminé.

Chapitre 9 - Lex Luthor

Trois heures précédant l'explosion, Lex Luthor finit d'achever le prototype avec la kryptonite et les lient à son armure. Alors qu'il survolait Metropolis, il est touché par deux missiles envoyés par le Joker qui endommagent ses réacteurs de propulsion. Harley, qui ignorait le double-jeu de Luthor, l'attaque, espérant lui prendre son armure pour le Joker, mais est vite battue. Déçu par son échec, le Joker s'en prend à Harley, mais celle-ci est sauvée de justesse par Luthor. Énervée de s'être encore fait avoir, Harley envoie sa bande semer le chaos tandis qu'elle enferme le Joker à nouveau.

Par la suite, Luthor vient en aide au héros et affronte Hawkgirl et Black Adam. Il se retrouve ensuite confronté à Shazam. Après l'avoir vaincu, il assiste à l'explosion de la Tour de Guet et constate que Superman y a échappé. Luthor provoque alors le Kryptonien pour le faire venir à lui tandis qu'il prépare son arme à kryptonite. Mais au moment de tirer, il est déconcentré par Shazam, et l'Homme d'Acier s'écrase sur lui, détruisant son armure. Enragé par la trahison de celui qu'il croyait être son ami, Superman tue Luthor, ignorant qu'il était filmé et en direct. Le monde est alors stupéfait par l'acte de Superman, qui a dévoilé son vrai visage, et les gens remettent en question le bien-fondé du régime.

Chapitre 10 - Flash

Le régime étant remis en question, Superman décide de renforcer son contrôle et prend la décision de raser Metropolis et Gotham en guise d'exemple, puis d'aller sur le monde des doubles pour l'envahir. Cependant, Shazam s'oppose à cette décision, affirmant que cela va trop loin et que Loïs Lane n'aurait pas voulu ça. A ces mots, Superman le tue froidement, sans le moindre remords. Horrifié par la mort de son ami, Flash décide de laisser tomber le régime, malgré les tentatives de Yellow Lantern de l'en dissuader. Flash décide de se rendre auprès de l'Insurrection pour prévenir les héros du projet de Superman, non sans faire un détour vers le manoir Wayne pour affaiblir les troupes de Sinestro. Arrivé au QG des insurgés, il se confronte à Green Arrow qui pense que le bolide est toujours du côté de Superman. Après l'avoir raisonné, ils se rendent auprès de Batman pour lui communiquer la situation.

Chapitre 11 - Wonder Woman

Mis au courant, le Batman de Terre-Unie décide de ramener les héros de Terre-1 dans leur monde. Le Batman de Terre-1 refuse et propose une nouvelle solution: faire venir le Superman de Terre-1 sur Terre-Unie pour qu'il les aide à mettre fin à la dictature. Mais le Batman de Terre-Unie est réticent à cette idée. Néanmoins le QG de l'Insurrection est pris d'assaut par Bane, Hawkgirl, Solomon Grundy, le Cyborg de Terre-Unie et Killer Frost. Les deux Batman décident d'amener le téléporteur dimensionnel dans la Batcave pour éviter qu'il soit détruit.

Durant le combat, Wonder Woman est téléportée sur Themyscira par Arès. Ce dernier lui révèle que Superman compte raser Metropolis et Gotham avec les armées des Atlantes et des Amazones, dirigées par le Aquaman et la Wonder Woman de Terre-Unie. Arès a téléporté Wonder Woman vers Themyscira dans l'espoir que celle-ci arrête son double. Ils sont ensuite attaqués par Raven, qui révèle qu'elle a pleinement acceptée sa part démoniaque et qu'elle servait Superman dans l'objectif de faire revenir Trigon, son père. Après avoir vaincue la demi-démone, Wonder Woman part se confronter à son double. Au terme d'un combat difficile, Wonder Woman parvient à vaincre son homologue de Terre-Unie et convainc l'armée des Amazones de se battre aux côtés de l'Insurrection.

Pendant ce temps, les deux Batman entrent en désaccord. Mais le Batman de Terre-1 parvient à convaincre son double de faire venir le Superman de Terre-1.

Chapitre 12 - Superman

Amené sur Terre-Unie et mis au courant des évènements, Superman accepte d'aider le Batman de Terre-Unie et mettre fin à la folie de son double. Il se rend dans un premier temps à Gotham pour aider ses amis et parvient à neutraliser Black Adam et Sinestro et convainc Yellow Lantern de poser les armes. Il part ensuite vers Metropolis, accompagné de l'armée des Amazones, pour neutraliser l'armée Atlante dirigée par le Aquaman de Terre-Unie.

Après l'avoir battu, Superman se retrouve vite confronté à Doomsday. Pour éviter qu'il ne fasse plus de dégâts, il amène ce dernier vers la Forteresse de la Solitude, le QG du régime. Après un combat difficile, il parvient à enfermer la créature dans la Zone Fantôme, avant de se retrouver confronté à son double, le Superman de Terre-Unie.

Finalement, le Superman de Terre-1 parvient à neutraliser son double et ce dernier est arrêté. Avec la chute du régime, tous ses partisans sont emprisonnés. Les héros de Terre-1 sont ramenés dans leur dimension et l'ancien dictateur est enfermé à Stryker dans une cellule l'exposant à un soleil rouge artificiel, neutralisant ses pouvoirs. Superman révèle toutefois au Batman de Terre-Unie qu'il compatit pour son double, et qu'il aurait sûrement agi comme lui s'il venait à perdre sa famille. Batman lui répond que, dans l'éventualité où ça arrive, il viendra personnellement s'occuper de lui.