Les débuts

Une fois sa carrière de joueur achevée, Kombouaré revient au Paris Saint-Germain, où la qualité de son travail en tant qu'entraîneur de l'équipe réserve est unanimement saluée. Alors qu'il est pressenti en 2003 pour succéder à Luis Fernandez à la tête de l'équipe fanion, ses plans sont finalement contrariés par l'arrivée du tandem Francis Graille-Vahid Halilhodžić à la tête du club parisien.

Il part entraîner le RC Strasbourg. Après des débuts encourageants et un jeu séduisant lors de la saison 2003-2004, au terme de laquelle le club finira à une honorable 13^e place, Kombouaré est victime des mauvais résultats de l'équipe alsacienne au début de la saison 2004-2005, lourdement handicapée par le départ de Danijel Ljuboja au PSG. Il est limogé en octobre 2004, à peine plus d'un an après son arrivée.

La révélation à Valenciennes

Antoine Kombouaré au VAFC en 2007.

En juillet 2005, il succède à Daniel Leclercq au poste d'entraîneur de l'équipe de Valenciennes, fraîchement promue en Ligue 2. Sous sa houlette, à la surprise générale, le club remporte le championnat dès sa première saison. Valenciennes retrouve la Ligue 1 que le club avait quittée en 1993 au moment de l'affaire VA-OM.

En mai 2006, il obtient le DEPF, plus haut diplôme d'entraîneur en France^[1]. Durant trois saisons le club parvient à se maintenir dans l'élite du football français. Le coach est prolongé jusqu'en 2009 au Valenciennes FC. À l'automne 2008, alors que son club est en grande difficulté et que lui-même obtient plusieurs suspensions pour ses colères répétées sur les terrains à l'encontre des arbitres ou des entraîneurs des équipes adverses, le président Francis Decourrière le confirme dans son poste tout en lui adjoignant un manager général afin d'encadrer la politique sportive du club.

Retour au Paris SG

Ménez et Kombouaré en 2011.

Après avoir de nouveau assuré le maintien de Valenciennes, il signe le 29 mai 2009 un contrat de 3 ans au Paris Saint-Germain. Il remplace donc à partir du début de la saison 2009-2010 son ancien coéquipier au FC Nantes et au PSG Paul Le Guen avec l'ambition de transmettre sa soif de victoires. Mais les résultats obtenus sont faibles, à mi-parcours de la saison 2010, le PSG pointe en milieu de tableau alors que son effectif et la direction visaient une place européenne.

Cependant malgré les difficultés de son équipe, avec les supporters et les blessures des joueurs, il gagne la coupe de France contre l'AS Monaco en mai 2010, et la qualifie dans le même temps pour la Ligue Europa.

Au cours de la saison 2010-2011, le PSG est considéré comme une des équipes pratiquant l'un des plus beaux jeux de Ligue 1, notamment grâce au flamboyant Nenê. Pour son 100^e match de Ligue 1, l'entraîneur retrouve son ancien club le VAFC pour une victoire 3-1. Paris finit cette saison avec une 4^e place en championnat, une finale de Coupe de France, une demi-finale de Coupe de la Ligue et un huitième de finale de Ligue Europa.

La saison 2011-2012 est marquée par un changement d'actionnaire majoritaire au club et l'arrivée de Qatar Sports Investments, qui emmène Leonardo dans ses valises. Kombouaré voit arriver de nombreux joueurs (Gameiro, Sirigu, Sissoko, Ménez, Pastore, Lugano, Matuidi...).

Le 22 décembre 2011, au lendemain de la victoire du PSG contre l'AS Saint-Étienne qui permet au club de virer en tête du championnat à la trêve hivernale, Antoine Kombouaré est remercié par son club^[2] et remplacé par Carlo Ancelotti. Après une période de tractations, liées à ses modalités de départ, il quitte officiellement ses fonctions le 30 décembre 2011. Il est ensuite consultant sur M6 durant l'Euro 2012^[3].

Une année en Arabie saoudite

Le 27 juin 2012, Antoine Kombouaré annonce qu'il s'engage un an avec le club saoudien d'Al-Hilal FC et explique faire ce choix par défaut, faute de proposition d'un club plus prestigieux^[4]. Il est limogé le 31 janvier 2013, alors que l'équipe est pourtant deuxième du championnat d'Arabie saoudite^[5].

Retour en France au RC Lens

Au RC Lens, en 2014.

Le 25 juin 2013, il est annoncé du côté du RC Lens, club de Ligue 2. Un accord oral est trouvé entre les nouveaux dirigeants et Kombouaré^[6]. Sa nomination est annoncée officiellement le 18 juillet 2013 par Gervais Martel lors d'une conférence de presse. L'objectif fixé par Hafiz Mammadov et Gervais Martel est de retrouver l'élite le plus rapidement possible.

Annoncé grand favori de la Ligue 2, ce n'est qu'au terme de la dernière journée et d'une victoire sur le terrain du CA Bastia que le club atteint son objectif de montée en Ligue 1 en terminant à la deuxième place.

Hélas, le retour dans l'élite se passe mal, et les engagements financiers du propriétaire ne sont pas tenus^[7]. Le club doit jouer loin de ses bases, du fait de la rénovation du stade Bollaert-Delelis, en vue de l'Euro 2016. À l'issue d'une saison difficile, Lens termine lanterne rouge et redescend immédiatement en Ligue 2. L'entraineur conserve son poste en 2015-2016 mais ne parvient pas à faire remonter le club qui échoue à la sixième place du championnat.

Lassé par les atermoiements de sa direction, le technicien décide de ne pas rester dans le Pas-de-Calais^[8].

EA Guingamp

Le 30 mai 2016, il s'engage pour trois ans avec l'En avant Guingamp, où il succède à Jocelyn Gourvennec, parti entraîner les Girondins de Bordeaux. À l'issue de sa première saison, il est convoité par l'AS Saint-Étienne, mais les deux clubs ne parviennent pas à se mettre d'accord pour un transfert^[9].

Le 21 août 2018, après deux saisons ponctuées par une dixième et une douzième place, il prolonge son contrat jusqu'en 2020^[10]. Il est finalement limogé trois mois plus tard, alors que le club occupe la dernière place du championnat^[11]. Alors qu'il avait été soutenu par son Président quelques-jours plus tôt, la décision de l'entraîneur de ne pas rentrer à Guingamp avec son groupe après une déroute à Nantes (5-0) aurait précipité son limogeage^[12].

Dijon FCO

Le 10 janvier 2019, il succède à Olivier Dall'Oglio, comme entraîneur du Dijon FCO^[13]. Bien qu'ayant permis au club de se maintenir dans l'élite à l'issue des barrages, Antoine Kombouaré annonce sa démission le 10 juin 2019^[14].

Toulouse FC

Le 14 octobre 2019, il s'engage comme entraîneur au Toulouse FC pour deux ans où il succède à Alain Casanova^[15]. Il arrive à Toulouse avec son adjoint Yves Bertucci. Il obtient sa toute première victoire sur le banc de Toulouse lors de son premier match face à Lille avec une victoire 2 buts à 1.

Le 5 janvier 2020, il est démis de ses fonctions d'entraîneurs au lendemain de l'élimination en 32^e de finale de la Coupe de France contre le club Saint-Pryvé Saint-Hilaire FC (National 2) et dix défaites consécutives. Denis Zanko, entraîneur de l'équipe réserve, lui succède^[16]. Revenant sur son limogeage au mois de février 2021, Kombouaré affirme : « Là-bas, je ne suis resté que deux mois. Je n'ai fait que dix matches à Toulouse, on ne m'a pas laissé le temps de finir mon travail^[17]. »

FC Nantes

Le 11 février 2021, le FC Nantes annonce son arrivée, afin de remplacer Raymond Domenech, devenant le quatrième entraîneur de la saison des Canaris^[18]. Ancien joueur du club où il a fait ses débuts professionnels, il arrive dans un contexte difficile alors que Nantes est barragiste, classé 18^e de Ligue 1, et se bat pour son maintien^[18]. Il débute par une victoire sur la pelouse du Angers SCO mais le club ne parvient pas à confirmer lors des rencontres suivantes. Le club obtient toutefois la victoire (1-2) sur le terrain du Parc des Princes contre le PSG le 14 mars lors de la 29^e journée, et se maintient finalement en battant Toulouse à l'issue des barrages.

Lors de la saison suivante, il réalise un bon parcours, et les Canaris sont 7^es à la trêve de Noël. Ils frappent les esprits le 19 février 2022, face au PSG de Messi, Mbappé et Neymar, en produisant un festival offensif et défensif, conclu sur une victoire par 3 à 1^[19]. Le 7 mai 2022, après avoir éliminé l'AS Monaco en demi-finale, le FC Nantes remporte la coupe de France en battant l'OGC Nice en finale sur un pénalty, transformé par Ludovic Blas. C'est le premier titre du club depuis 2001. Quatre jour plus tard, les Canaris s'imposent 2 buts à 1 dans le derby face au Stade rennais, malgré la fatigue de la finale et de ses festivités durant le week-end.

Malgré des tensions avec le président nantais Waldemar Kita, et un fort intérêt de la sélection ivoirienne^[20], Antoine Kombouaré décide de rester au FC Nantes, notamment pour participer à l'aventure européenne de son club formateur^[21].

Le 9 mai 2023, malgré une finale en Coupe de France et un match nul contre la Juve en 16ème de l'Europa League, il est démis de ses fonctions, le club étant alors 17^e à 4 journées de la fin^[22]. Pierre Aristouy, qui le remplace, sauve le club de justesse lors du dernier match.