AJ Auxerre (2004-2006)

Il poursuit donc sa formation à l'AJ Auxerre puis débute en Ligue 1 le 14 août 2004 lors de la 2^e journée de la saison 2004-2005 face au Stade rennais (victoire 3-1). Il inscrit son premier but en championnat contre le même Stade rennais la saison suivante (défaite 3-1) mais il n'a pas encore la confiance du nouvel entraîneur Jacques Santini et préfère rejoindre Arsenal en cours de saison après deux saisons professionnelles à l'AJA.

Arsenal (2006-2015)

Abou Diaby, effectuant une touche, contre Fulham en 2007.

En janvier 2006, Abou Diaby signe donc un contrat de quatre ans et demi à Arsenal^[4]. Il débute en Premier League le 21 janvier par une défaite face à Everton et marque son premier but le 1^er avril suivant lors du match face à Aston Villa à Highbury (5-0). Le 1^er mai 2006, il est victime d'un sévère tacle à la cheville du joueur de Sunderland Dan Smith qui l'éloigne des terrains pendant huit mois et le prive de la finale de la Ligue des champions face au FC Barcelone et de l'Euro espoirs 2006 au Portugal. Il est souvent comparé à Patrick Vieira du fait de son gabarit et de son style de jeu^[5]. Ses trois premières saisons sont marquées par des blessures à répétition qui l'empêchent de s'imposer pleinement au sein de l'effectif d'Arsenal.

Diaby au milieu des joueurs de Chelsea en 2010.

La première partie de la saison 2009-2010 permet à Abou Diaby de gagner enfin une place de titulaire. Arsène Wenger en fait l'un de ses cadres au milieu de terrain et le joueur se révèle très précieux, inscrivant six buts dans le championnat d'Angleterre. Le 1^er janvier 2010, Diaby signe un nouveau contrat « de longue durée » avec les Gunners^[6]. Il s'agit de la saison la plus aboutie du milieu de terrain français en termes de temps de jeu. Diaby dispute 29 matches de Premier League, et prend part à dix matches de Ligue des champions, où Arsenal s'arrêta en quarts de finale (élimination face au FC Barcelone).

Longtemps en course pour le titre de champion d'Angleterre en 2010-2011, Arsenal termine finalement quatrième de Premier League. Abou Diaby voit de nouveau sa saison largement amputée par de nombreuses blessures : blessure à la cheville à la suite d'un mauvais tacle de Paul Robinson en septembre 2010^[7], élongation au mollet en décembre, lésion aux adducteurs en mars 2011 et rechute au mollet le mois suivant. Abou Diaby ne joue finalement que 20 matchs toutes compétitions confondues^[8].

Opéré de la cheville durant l'été 2011, Diaby est indisponible plusieurs mois avant de faire deux courtes apparitions en équipe première fin novembre. Il se blesse aux ischio-jambiers début décembre et est de nouveau éloigné des terrains pendant trois mois^[9]. Le 3 mars 2012, il effectue son retour lors du match comptant pour la 27^e journée face à Liverpool (victoire 1-2) en remplaçant Mikel Arteta à l'heure de jeu. Cependant, le milieu français ressent de nouvelles douleurs aux muscles ischio-jambiers et demande à être remplacé moins d'une demi-heure après son entrée en jeu^[10]. Le 21 avril 2012, il entre pour la dernière demi-heure de jeu face à Chelsea (0-0)^[11].

Les nombreuses blessures contractées^[12],[13] sont le principal frein à la progression de sa carrière. Il ne joue, par conséquent, que 17 matchs de championnat d'Angleterre en moyenne sur les saisons 2006-2007 à 2011-2012. Le 28 mars 2013, il est une nouvelle fois victime d'une blessure à l'entraînement, se rompant les ligaments croisés cette fois. Son opération doit l'éloigner des terrains entre 8 et 9 mois.

Lors de ces deux dernières saisons, Abou Diaby ne participe qu'à un seul match de Premier League face à Norwich City (0-2), le 11 mai, lors de la dernière journée de la saison 2013-2014 ; et la saison suivante, uniquement 67 minutes, lors du troisième tour de la coupe de la Ligue, le 23 novembre 2014, où il est titulaire contre Southampton (défaite 2-1). Le 10 juin 2015, à la suite de ses blessures à répétition, il est libéré par Arsenal après neuf ans passés au club. Son départ est confirmé le 1^er juillet 2015 sur le compte Twitter des Gunners qui annoncent ne pas avoir prolongé le Français.

Ces blessures à répétition ont souvent fait l'objet d'articles et d'infographie de la part des médias britanniques. Au total, entre 2006 et 2015 avec Arsenal, Abou Diaby s'est blessé 42 fois cumulant 1554 jours d'absence, soit 222 semaines^[14] selon le Daily Mail. Ce qui représente environ quatre années sans jouer, soit près de la moitié de la durée de sa carrière avec le club anglais.

Olympique de Marseille (2015-2017)

Libre de tout contrat, Abou Diaby s'engage avec l'Olympique de Marseille le 29 juillet 2015^[15].

Alors qu'il n'a plus joué depuis septembre 2014, il retrouve les terrains lors d'un match de CFA avec l'équipe réserve le 12 mars 2016^[16], puis fait son retour avec l'équipe professionnelle la semaine suivante lors de la 31^e journée de Ligue 1 contre le Stade rennais. Le 3 avril 2016, il est titulaire pour la première fois en Ligue 1 lors d'un déplacement chez le SC Bastia.

Handicapé par les blessures, il quitte le club marseillais en juin 2017 après n'y avoir joué que six matches^[17].

Fin de carrière

Le 25 février 2019, plus d'un an et demi après avoir quitté l'Olympique de Marseille, il annonce qu'il met fin à sa carrière de joueur professionnel, lassé de toutes ses blessures à répétitions^[18].

Lors de l'émission annonçant la fin de sa carrière sur RMC, Farman Bhatti (kinésithérapeute avec lequel il a travaillé régulièrement) confirme que ses blessures sont sûrement la conséquence du tacle infligé par Dan Smith. « Avant, il n'avait pas de problème. Et à partir de là, il va les enchaîner » témoigne-t-il^[19].