Avec le Chemnitzer FC (1983-1997)

Né à Görlitz en RDA, Michael Ballack fait ses débuts à l'âge de sept ans au FC Karl-Marx Stadt (rebaptisé Chemnitzer FC en 1990), le club de la ville de Chemnitz où vivent ses parents. Dès son plus jeune âge, il montre une certaine capacité à pouvoir jouer avec autant de facilité avec les deux pieds. En 1995, après avoir fait ses classes dans le centre de formation du club, il signe son premier contrat professionnel avec le Chemnitzer FC qui évolue à l'époque en 2. Bundesliga. C'est à cette époque, en raison de sa façon de jouer la tête levée, qu'il gagne le surnom de der kleine Kaiser ("le petit empereur") en référence au "kaiser" Franz Beckenbauer.

Lors de sa première saison, il dispute 15 matchs mais son club est relégué en troisième division. La saison suivante, il s'installe comme titulaire, ne manque pas un seul match et inscrit 10 buts. Cela ne suffira pas au Chemnitzer FC pour être promu.

Avec le 1. FC Kaiserslautern (1997-1999)

À la fin de la saison 1996/1997, Michael Ballack signe au 1. FC Kaiserslautern qui vient tout juste d'être promu en Bundesliga. S'il n'est pas un titulaire indiscutable, il remporte néanmoins son premier titre de champion d'Allemagne lors de sa première saison dans l'élite. C'est la première fois dans l'histoire de la Bundesliga qu'un club promu remporte le championnat dès son retour dans l'élite. La saison suivante est moins brillante pour le club qui ne doit se contenter que d'une quatrième place. En revanche, Michael Ballack s'est lui imposé comme titulaire au sein de l'équipe.

Avec le Bayer Leverkusen (1999-2002)

Durant l'été 1999, le Bayer Leverkusen débourse 3,6 millions d’euros pour ses services^[1]. Sous la direction de l'entraîneur Christoph Daum, il évolue au milieu de terrain, et parfois en soutien des attaquants où il brille notamment grâce à son jeu de tête. Lors de la dernière journée du championnat 1999-2000, le Bayer est encore en course pour le titre mais est défait 2-0 à Unterhaching et termine à la seconde place. Ballack marque un but contre son camp qui précipite la défaite de son équipe. Son caractère réservé ne prête pas au rôle de leader que son entraîneur Christoph Daum aimerait le voir tenir, ses progrès lui permettent néanmoins d'effectuer ses débuts avec l'équipe d'Allemagne en avril 1999. Il est ensuite retenu par le sélectionneur Erich Ribbeck pour disputer l'Euro 2000.

En 2001-2002, le Bayer dirigé par Klaus Toppmöller passe près d'un triplé historique mais ne remporte finalement aucun trophée. Le club est défait par le Real Madrid en finale de la Ligue des champions, par Schalke 04 en finale de Coupe d’Allemagne, et perd une nouvelle fois le titre lors des dernières rencontres de la Bundesliga. La saison est néanmoins positive pour Michael Ballack. Libéré en partie de ses taches défensives par Toppmöller, il marque 17 buts en 29 matches de championnat, et 6 en Ligue des champions^[2]. Grâce à ses performances en club et en sélection nationale, il est désigné joueur de l'année par le magazine américain Soccer Digest et meilleur joueur allemand de l'année par un jury de journalistes sportifs interrogés par le magazine Kicker^[3].

Avec le Bayern Munich (2002-2006)

Ballack évoluant avec le Bayern Munich en 2006.

Revenu de la coupe du monde 2002, où l'équipe allemande a atteint la finale, Michael Ballack s’engage avec le Bayern Munich, qui débourse 6,3 millions d’euros pour conclure le transfert^[1]. Moins expansif que ses prédécesseurs, notamment Stefan Effenberg et Lothar Matthäus, il remporte néanmoins trois doublés coupe-championnat en 2003, 2005 et 2006 avec le club bavarois. Le Bayern ne décroche aucun trophée lors de la saison 2003-2004, et ne s'impose pas sur la scène européenne. À titre personnel, Michael Ballack est de nouveau nommé joueur de l'année par Kicker, en 2003 et 2005^[4]. Il continue de marquer régulièrement en Bundesliga, notamment en 2005-2006 où il inscrit 14 buts en 26 matches.

Avec Chelsea (2006-2010)

Durant l'hiver 2005, Michael Ballack refuse de prolonger son contrat avec le Bayern. La presse spécule sur un éventuel transfert à Manchester United ou au Real Madrid^[1], mais l'été suivant il s'engage pour quatre ans avec le club londonien de Chelsea. Il déménage alors avec sa femme et ses 3 enfants pour Londres. Son contrat fait alors de lui le joueur de football allemand le mieux payé de l'histoire^[5]. Ballack éprouve pourtant des difficultés à s'adapter, au cours de sa première saison dans le championnat anglais. Peu souvent titularisé par l'entraîneur José Mourinho, qui dispose de nombreuses options en milieu de terrain, il est opéré à la fin de la saison 2006/2007, à la suite d'une blessure à la cheville gauche.

Éloigné des terrains près de huit mois, il retourne à la compétition en décembre 2007. À son retour, José Mourinho a été remplacé par Avram Grant, qui connaît l'Allemand depuis longtemps. Ballack retrouve une place de titulaire et s'impose sur le terrain en inscrivant des buts décisifs. En l'absence de Michael Essien, parti disputer la coupe d'Afrique des nations, et de Frank Lampard, blessé, Michael Ballack effectue de l'avis de la presse ses meilleurs matchs sous les couleurs de Chelsea notamment en inscrivant un doublé contre Manchester united lors d'un match ou les blues s'imposent sur le score de 2 buts a 1^[6].

La saison suivante sera nettement plus moyenne. Le nouvel entraîneur de Chelsea Scolari change de système en surchargeant le milieu de terrain. Dans ce système, l'Allemand a un rôle plus défensif et se met beaucoup moins en valeur offensivement. Il ne marque d'ailleurs qu'un seul but en championnat. Avec l'arrivée de Guus Hiddink en février, les Blues reprennent leur classique 4-3-3, ce qui permet à Ballack de réaliser quelques bonnes performances en Ligue des champions et au club de se hisser en demi-finale de la compétition. Opposé au FC Barcelone, Chelsea est l'un des rares clubs à faire douter et à tenir en échec le futur vainqueur européen. Au cours de deux matchs houleux et très engagés, Ballack se distingue surtout par sa gesticulation autour de l'arbitre après une main de Samuel Eto'o non sifflée, sur sa reprise de volée lors du match retour. Parodié sur le net, son geste ne lui vaudra finalement qu'un carton jaune, contrairement à son coéquipier Drogba qui écope d'une suspension pour son comportement. Ballack remporte néanmoins son premier titre avec les Blues : la Cup. En fin de contrat, il prolonge alors d'un an.

Blessé lors de la préparation de la saison 2009-10, il revient tout juste pour le Community Shield contre Manchester United dans lequel il essuiera des critiques à cause d'un geste polémique. Entré en cours de jeu, il tacle sèchement le Français Patrice Évra qui s'écroule et reste au sol. Sur l'action, un but est marqué. Les joueurs mancuniens se plaindront du manque de fair-play des Blues. Pour cette nouvelle saison, le nouvel entraîneur Carlo Ancelotti change à nouveau le système en 4-3-1-2 avec un milieu en losange et l'Allemand se retrouve sur un côté droit dans une position inhabituelle. Cela ne l'empêche pas d'être efficace devant le but puisqu'il inscrit 3 buts en 6 journées. La suite de sa saison sera nettement moins prolifique, dans l'ombre de Lampard, bien qu'il parvienne parfois à briller avec des passes décisives comme contre Sunderland en janvier ou Wolverhampton en février. Il se blesse ensuite en mars après la défaite contre l'Inter en Ligue des champions et ne retrouvera sa place qu'en avril. En fin de saison, il se voit contraint de jouer milieu défensif avec la blessure de Mikel (s'ajoutant à celle d'Essien), Malouda prenant sa place en milieu et Kalou prenant celle de Malouda, dans un jeu de chaises musicales. Il remporte son premier titre de champion d'Angleterre lors de la dernière journée après le carton 8-0 face à Wigan.

Avec le Bayer Leverkusen (2010-2012)

En fin de contrat en juin 2010, celui-ci n'est pas renouvelé, à cause des exigences salariales du joueur que le club ne veut pas honorer. Michael signe alors au Bayer Leverkusen, club où il évolua autrefois et dont il garde d'excellents souvenirs. Malheureusement, il se blesse rapidement et doit se tenir éloigné des terrains.

En juillet 2012, son contrat au Bayer Leverkusen prendra fin et ne sera pas renouvelé. Il est de ce fait annoncé en MLS (Major Ligue Soccer) et plus précisément au Chicago Fire.

Le 2 octobre 2012, Ballack met un terme à sa carrière de footballeur professionnel à l'âge de 36 ans^[7].